马周终于有了用武之地，他十分感激唐太宗的信任。他觉得自己得到的不仅是高官厚禄，更得到了一个充分发挥才能的机会，他尽其所学为唐朝社会的发展做出自己的贡献。公元633年，马周上书皇帝，对李世民为太上皇李渊大建宫室的做法提出了比较宛转的批评。

在这篇奏折中，马周写道：“微臣每读经史，见前贤忠孝之事，臣虽小人，窃希大道，未尝不废卷长想，思履其迹。臣以不幸，早失父母，犬马之养，已无所施，顾来事可为者，唯忠义而已。”他从自己的经历开始说起，说李世民的想法是对的，对待父母就应该尽孝道。

马周认为唐朝初建，百业待兴,老百姓还很不富裕，应该以发展国力为先，等到以后国力有余了，再修建宫室尽孝道也不为晚。马周在这篇奏折中以非常平和的口气对李世民的这种做法提出了不同意见，结果也很奏效。李世民看到后觉得马周说的很对，不但没有生气，除了停止了修建宫室之外，还加封了马周的官职，让他更多参与朝政，马周更有了伸展抱负的空间。

公元638年(唐贞观十一年)，马周又上书皇帝，从以前的朝代兴亡开始议论，并重点谈了隋朝灭亡的原因。他说唐朝建立前的那几个朝代之所以存在的时间很短，长的不过五六十年，短的只有二三十年。为什么这些朝代会存在了这么短的时间就灭亡了?

最主要的原因这些时代的君主不懂得爱护百姓，一味的挥霍奢侈，对老百姓横加剥削，一是耗费了大量财力，二是失去了民心，三是统治者昏庸无能，不会用贤良的人才，最终灭亡。他还重点谈了隋朝灭亡的原因，他认为隋朝在文帝杨坚时的基础很雄厚，本来是可以长治久安的。

可是炀帝杨广当皇帝以后，开始腐化堕落起来，剥削百姓到了很严重的程度，最终失去了天下人的心，被人杀死在扬州。马周劝李世民要以隋亡为鉴，时时刻刻要记得隋亡的教训，不能因为天下刚刚平定下来就走隋炀帝的道路，只有让老百姓安居乐业，才能巩固唐朝的统治，才能使唐朝由乱到治。

李世民通过这篇奏折，更看到了马周出色的治国才能，更加重用起马周来。马周为了长安能够维持更好的社会治安秩序，他在长安城中的主干道上设立了许多警鼓，如遇上特殊情况，就命人击鼓为信，好及时的维护社会治安。