泰国警方对9名军人毫不留情的做法，使得军队十分不满。由于部分警方人士可能事先知湄公河惨案真相，所以帕莽军营隶属第三装甲团一位指挥官愤怒的对记者表示：“是警察杀害了中国船员!”泰国国内势力异常复杂,长期遗留的政治斗争充斥政坛。警察总监飘潘是流亡总理他信前妻的胞弟，与泰国军方一直势不两立;而军方势力的态度也针锋相对，一些强硬派对他信之妹英拉出任总理也不支持。

泰国在君主立宪政体下，形成了王室、军队、政府“三足鼎立”的局面。其中王室最强、政府最弱。为了巩固自己的地位，军方领袖始终对泰王保持极大的尊重与顺从，同时通过维护王室来为自己谋求利益，而不是听命于政府。军方实力远远大于听命于政府的警方，而军警之间关系十分微妙。警察只能控制曼谷等几个大城市，在边境地区，治安和防务全部由军方负责。

有分析人士认为湄公河惨案真相，军界部分高层与边境犯罪团伙之间有着种种瓜葛，英拉政府和前他信政府大力推进的肃毒政策影响了他们的利益，湄公河惨案可能是军方故意出给英拉的难题。当地媒体普遍认为，泰国军队掌权将领与政府矛盾颇深，陆军司令巴渝在2010年10月阿披实政府获得提升，是泰国军队中坚定的“反他信派”。

虽然12月6日，泰国国防部部长他撒从中协调，请陆军司令与负责安全事务的副总理共进午餐以弥补政府和军队之间的裂痕，但是双方矛盾难以得到实质性缓和。欢乐吉祥的新年日益临近，但是曼谷近日并不安宁，数次出现安置炸弹的事件。12月16日在曼谷三个地点安置炸弹的嫌疑人被抓获，但是这位45岁的来自东北沙工那空府的牧羊人否认指控。泰国媒体略带讽刺地质疑“警方抓到的是“替罪羊”还是“身穿制服的政治势力”?而中国民众最关心的是：湄公河惨案最终惩罚的是否也是一只替罪羊。