为了平息皇储争议，万历二十九年(1601年)十月，终于皇帝立皇长子朱常洛为皇太子、三子朱常洵为福王、五子朱常浩为瑞王、六子朱常润为惠王、七子朱常瀛为桂王，争国本事件最终落下帷幕。

这场万历年间最激烈复杂的政治事件，共逼退内阁首辅四人(申时行、王家屏、赵志皋、王锡爵)，部级官员十余人、涉及中央及地方官员人数达三百多位，其中一百多人被罢官、解职、发配充军，整治另外“东林党”。

恭妃王氏仍旧寂居幽宫，见不到万历帝，整日以泪洗面，流泪度日，渐渐的双目失明了。万历三十九年(1611)，王氏薨逝，大学士叶向高建议厚葬，可是皇帝居然不同意。再进言，皇帝才勉强同意追谥皇贵妃。

万历四十八年(1620年)七月，皇帝驾崩。八月，皇太子即皇帝位，大赦天下，宣布次年改元泰昌。但却因红丸案驾崩。

崔文升本是郑贵妃宫中的亲信太监。朱常洛即位以后，升为司礼监秉笔太监，朱常洛患病后，郑贵妃指使崔文升以掌御药房太监的身份向皇帝进“通利药”，即大黄。大黄相当于泻药。所以，接下来的一昼夜，朱常洛连泻三四十次，身体极度虚弱，处于衰竭状态。

后来，廷臣们对于崔文升进药的资格和所进药物是否符合医学原理两点，对其进行猛烈的抨击。给事中杨涟说：“贼臣崔文升不知医……妄为尝试;如其知医，则医家有余者泄之，不足者补之。

皇上哀毁之余，一日万几，于法正宜清补，文升反投相伐之剂。”杨涟认为，朱常洛本来身体就虚弱，应当进补，而崔文升反而进以泻药，其心叵测。当时，朱常洛生母王氏外家、原皇太子妃郭氏外家两家外戚都认为其中必有阴谋，遍谒朝中大臣，哭诉宫禁凶危之状：“崔文升药，故也，非误也!”

泰昌元年(1620年)八月二十八日，朱常洛召英国公张惟贤、内阁首辅方从哲等十三人进宫，让皇长子出来见他们，颇有托孤的意思并下令将崔文升逐出皇宫。

泰昌元年(1620年)八月二十九日，鸿胪寺丞李可灼说有仙丹要呈献给皇上。太监们不敢做主，将事情禀告内阁大臣方从哲。方从哲说：“彼称仙丹，便不敢信。”接着，内阁大臣们进乾清宫探视朱常洛。朱常洛此时已着意安排后事，将皇长子交由阁臣小心辅佐，又问起自己的陵墓的营建事宜。

在安排好一切之后，朱常洛问：“有鸿胪寺官进药，何在?”方从哲说：“鸿胪寺丞李可灼自云仙丹，臣等未敢轻信。”朱常洛自知命在旦夕，遂抱着试一试的想法，命李可灼入宫献药。到中午时分，李可灼调制好一颗红色药丸，让皇帝服用。

朱常洛服完红丸后，感觉还好，让内侍传话说：“圣体用药后，暖润舒畅，思进饮膳。”傍晚，朱常洛命李可灼再进一粒红丸。尽管御医们都表示反对，但是朱常洛坚持要再服一颗。于是，李可灼再让皇帝服用了一颗红丸。服后，朱常洛感觉安适如前，没有什么不良反应。

泰昌元年九月二十六日(1620年)五更，朱常洛驾崩。于是，廷臣纷纷议论，指定李可灼、红丸是致皇帝暴毙的罪魁，而且还牵涉到方从哲。不过，方从哲、李可灼对于朱常洛服药，本就是抱着一试的希望，对于朱常洛的死并不要负什么责任。

后来，内阁大学士将进药的前后始末详细地在给熹宗的奏疏中说明，才使方从哲摆脱了困境。红丸，其实与嘉靖皇帝当初服用的红铅丸类似，是用妇人经水、秋石、人乳、辰砂调制而成，性热，正好与当初崔文升所进的大黄药性相反。本就虚弱的朱常洛，在最后的岁月连遭性能相反而且猛烈的两味药物的折磨，便暴毙而亡。

明光宗朱常洛在位仅仅一个月，享年三十八岁。