五月，葬明英宗于裕陵。宪宗刚即位，就发生了都指挥使门达结纳东宫内侍王纶，密谋由翰林侍读学士钱溥取代李贤辅政之事。门达在英宗晚年深得宠信，而李贤时为内阁首辅，对门达统率的锦衣卫官校“恣横为剧患，贤累请禁止，帝召达诫谕之”。

门达因此衔恨入骨，设计构陷李贤，事情败露，英宗也未处置门达。英宗病重，门达蓄意勾结王纶，欲除掉李贤。他们的阴谋被朝臣揭发，宪宗大怒，结果王纶被斩，钱溥被贬，门达因他罪并发，“论斩系狱，没其资巨万”。

而与此同时，李贤则进少保、华盖殿大学士，知经筵事。宪宗十分倚重李贤，李贤也“以受知人主，所言无不尽”。但李贤辅政不久，即于成化二年冬卒。这一年，南北两京、四川、湖广、荆襄地区的盗贼泛滥。

成化元年(1465年)正月，任命都督同知赵辅为征夷将军，总领所有总兵，征讨广西瑶族的叛乱。三月，四川山都掌蛮进行暴乱。 十二月，韩雍大破广西大藤峡的瑶族叛乱者，将大藤峡改名为“断藤”。

成化二年(1466年)正月，结束团营建制。三月，朱永在南漳大破荆、襄贼地区的乱匪头目刘通，并擒拿刘通。他的党羽石龙逃走后转而进入四川。七月，毛里孩进犯固原。

八月，又进犯犯宁夏，宁夏都指挥焦政战死。十月，朱永擒拿匪首石龙等人，荆襄地区的乱匪被平定。十二月，大学士李贤逝世，朱见深命太常寺少卿兼翰林院侍读学士刘定之进入内阁处理机务。这个月，断藤峡的瑶族乱贼再次暴乱。

成化三年(1467年)正月，朱见深授朱永为平胡将军，和杨信一起征讨毛里孩。三月，朱见深封商辂为兵部侍郎，再次进入内阁。十二月，左庶子黎淳再次提出明代宗时期废黜太子的事情，朱见深说：“景泰年间的事情已经过去了，朕不会在意，况且这些也不是臣下当说的。”

成化七年(1471年)，任命王恕为刑部侍郎，总理河道事务。十一月，朱见深立皇子朱祐极为皇太子，大赦天下。

成化十一年(1475年)十一月，立皇子朱祐樘为皇太子。十二月，恢复郕王朱祁钰的帝号。

中期朝政

成化十二年(1476年)三月，李震大破靖州地区的苗乱。五月，副都御史原杰安抚荆、襄的流民。十一月，四川都御史张瓒征讨湾溪地区的苗乱并将其攻破。十二月，朱见深设置郧阳府，设行都司卫所，以安排那里的流民。

成化十三年(1477年)正月，朱见深设置西厂来加强特务机构，太监汪直担任提督。四月，汪直将郎中武清、乐章，太医院的院判蒋宗武，张廷纲，浙江布政使刘福等人下了西厂大狱。五月，方贤又下了西厂狱。大学士商辂、尚书项忠等人上书朱见深请求废置西厂，朱见深采纳他们的建议。六月，罢免项忠为民，又复设西厂。不久商辂也辞官。

成化十八年(1482年)正月，朱见深下旨废置西厂。

成化十九年(1483年)七月，蒙古小王子进犯重镇大同。

 成化二十二年(1486年)七月，蒙古小王子又进犯甘州，甘州指挥姚英等人战死。十一月，安南侵略占城，占城王子古来逃入明朝。