瘟疫爆发

崇祯十四年，左懋第督催漕运，道中驰疏言：“臣自静海抵临清，见人民饥死者三，疫死者三，为盗者四。米石银二十四两，人死取以食。惟圣明垂念。”保定巡抚徐标被召入京时说：“臣自江推来数千里，见城陷处固荡然一空，即有完城，亦仅余四壁城隍，物力已尽，蹂躏无余，蓬蒿满路，鸡犬无音，未遇一耕者，成何世界!”这时华北各省又疫疾大起，朝发夕死。“至一夜之内，百姓惊逃，城为之空”。

崇祯十四年七月，疫疾从河北地区传染至北京，病名叫“疙瘩病”，崇祯十六年，北京人口死亡近四成，十室九空。

崇祯十六年八月，天津爆发肺鼠疫：“上天降灾，瘟疫流行，自八月至今(九月十五日)，传染至盛。有一二日亡者，有朝染夕亡者，日每不下数百人，甚有全家全亡不留一人者，排门逐户，无一保全。”

崇祯十七年，天津督理军务骆养性说，“昨年京师瘟疫大作，死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者。”

江南在崇祯十三年遭大水，崇祯十四年有旱蝗并灾，十五年持续发生旱灾和流行大疫。地方社会处在了十分脆弱的状态，盗匪与流民并起，各地民变不断爆发。

内忧外患

为剿流寇，朱由检先用杨鹤主抚，后用洪承畴，再用曹文诏，再用陈奇瑜，复用洪承畴，再用卢象升，再用杨嗣昌，再用熊文灿，又用杨嗣昌，十三年中频繁更换围闯军的将领。这其中除熊文灿外，其他都表现出了出色的才干。然用人存疑，以至责无成效皆功亏一篑。李自成数次大难不死，后往河南聚众发展。

此时北方皇太极又不断骚扰入侵，明廷苦于两线作战，每年的军费“三饷”开支高达两千万两以上，国家财政早已入不敷出，缺饷的情况普遍，常导致明军内部骚乱哗变。朱由检求治心切，《春明梦余录》记述：“崇祯二年十一月，以司礼监太监沈良住提督九门及皇城门，以司礼监太监李凤翔总督忠勇营”;中后金反间计，自毁长城，冤杀袁崇焕。

随着局势的日益严峻，朱由检的滥杀也日趋严重，总督中被诛者七人，巡抚被戮者十一人。朱由检亦知不能两面作战，私底下同意议和。但明朝士大夫鉴于南宋的教训，皆以为与满人和谈为耻。

因此朱由检对于和议之事，始终左右为难，他暗中同意杨嗣昌的议和主张，但一旁的卢象升立即告诉皇帝说：“陛下命臣督师，臣只知战斗而已!”，朱由检只能辩称根本就没有议和之事，卢象升最后战死沙场。明朝末年就在和战两难之间，走入灭亡之途。

崇祯十五年(1642年)，松山、锦州失守，洪承畴降清，朱由检又想和满清议和，兵部尚书陈新甲因泄漏议和之事被处死，与清兵最后议和的机会也破灭了。

崇祯十七年(1644年)明王朝面临灭顶之灾，朱由检召见阁臣时悲叹道：“吾非亡国之君，汝皆亡国之臣。吾待士亦不薄，今日至此，群臣何无一人相从?”在陈演、光时亨等反对之下未能下决心迁都南京。