此时，农民军起义已经十多年了，从北京向南，南京向北，纵横数千里之间，白骨满地，人烟断绝，行人稀少。崇祯帝召保定巡抚徐标入京觐见，徐标说：“臣从江淮而来，数千里地内荡然一空，即使有城池的地方，也仅存四周围墙，一眼望去都是杂草丛生，听不见鸡鸣狗叫。

看不见一个耕田种地之人，像这样陛下将怎么治理天下呢?”崇祯帝听后，潸然泪下，叹息不止。于是，为了祭祀难民和阵亡将士和被杀的各位亲王，崇祯帝便在宫中大作佛事来祈求天下太平，并下诏罪己诏，催促督师孙传庭赶快围剿农民军。

甲申国难

崇祯十六年正月，李自成部克襄阳、荆州、德安、承天等府，张献忠部陷蕲州，明将左良玉逃至安徽池州。崇祯十七年(1644年)，三月一日，大同失陷，北京危急，初四日，朱由检任吴三桂为平西伯，飞檄三桂入卫京师，起用吴襄提督京营。

六日，李自成陷宣府，太监杜勋投降，十五日，大学士李建泰投降，李自成部开始包围北京，明王朝面临灭顶之灾。太监曹化淳说：“忠贤若在，时事必不至此。”明军在与农民起义军和清军的两线战斗中，屡战屡败，已完全丧失战斗力。

三月十七日，农民起义军围攻京城。十八日晚，朱由检与贴身太监王承恩登上煤山(也称万寿山，今北京景山)，远望着城外和彰义门一带的连天烽火，只是哀声长叹，徘徊无语。李自成军攻入北京。太监王廉急告皇帝，朱由检在宫中饮酒长叹：“苦我民尔!”太监张殷劝皇帝投降，被一剑刺死。朱由检命人分送太子、永王、定王到勋戚周奎、田弘遇家。

回宫后写下诏书，命成国公朱纯臣统领诸军和辅助太子朱慈烺。又命周皇后、袁贵妃和3个儿子入宫，简单叮嘱了儿子们几句，命太监将他们分别送往外戚家避藏。他又哭着对周皇后说：“你是国母，理应殉国。”周皇后也哭着说：“妾跟从你18年，陛下没有听过妾一句话，以致有今日。

现在陛下命妾死，妾怎么敢不死?”说完解带自缢而亡。朱由检转身对袁贵妃说：“你也随皇后去吧!”袁贵妃哭着拜别，也自缢。朱由检又召来15岁的长平公主，流着泪说：“你为什么要降生到帝王家来啊!”说完左袖遮脸，右手拔出刀来砍中了她的左臂，接着又砍伤她的右肩，她昏死了过去。同时也挥剑刺死了自己年仅六岁的么女—昭仁公主。

朱由检又砍死了妃嫔数人，并命令左右去催懿安张皇后自尽。懿安张皇后隔帘对朱由检拜了几拜，自缢身亡。十九日凌晨，李自成起义军从彰义门杀入北京城。然后朱由检手执三眼枪与数十名太监骑马出东华门，被乱箭所阻，再跑到齐化门(朝阳门)，成国公朱纯臣闭门不纳，后转向安定门，此地守军已经星散，大门深锁，太监以利斧亦无法劈开。

三月十九日拂晓，大火四起，重返皇宫，城外已经是火光映天。此时天色将明，朱由检在前殿鸣钟召集百官，却无一人前来，朱由检说：“诸臣误朕也，国君死社稷，二百七十七年之天下，一旦弃之，皆为奸臣所误，以至于此。”最后在景山歪脖树上自缢身亡，死时光着左脚，右脚穿着一只红鞋。时年33岁。身边仅有提督太监王承恩陪同。

上吊死前于蓝色袍服上大书：

“朕自登基十七年，虽朕薄德匪躬，上干天怒，然皆诸臣误朕，致逆贼直逼京师。朕死，无面目见祖宗于地下，自去冠冕，以发覆面。任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人。”

诸臣惊闻这一变故，大学士范景文及其妻妾，户部尚书倪元璐与他的一家十三口人，左都御史李邦华，副都御史施邦昭，大理寺卿凌义渠，兵部右侍郎王家彦，刑部右侍郎孟兆祥与其妻何氏儿子孟章明，儿媳万氏，左谕德马世奇并其妾朱氏、李氏、左中允刘理顺并其妻万氏、妾李氏及儿子、奴仆婢女满门共十八人，太长寺少卿吴麟征。