事情还没处理完，工科给事中吴文佳又对万历帝说：“裬恩门、殿等处沉陷甚多，至于宝城砖石翻塌损伤，更为可虑。”万历帝随即命工部侍郎陈一松、给事中胡汝钦再去陵园察勘。回来后报称：陵园沉陷严重，裬恩殿丹陛、方墙等处都有程度不同的沉陷、闪动，与陶金、王淑陵所奏相差悬殊。万历帝览奏十分生气，马上命都察院会同工部对肇事人员进行参处。

这次处罚比上次更为严厉，周宣、郭全各降三级，革去管事职务;熊汝达已致仕，着冠带闲住，恩荫罢革;易可义、石汉各降三级，调外任;等法司从重问拟;朱衡着以尚书致仕;杨俊卿等监工人员四人各降一级，郭元相夺俸半年;马录等法司提问。陶金、王淑陵因报告的时间与陈、胡二人察看的时间相差一月，其间大雨连绵，沉陷陆续增多，免以虚报处罚。

由于昭陵裬恩门、裬恩殿、垣墙等处严重沉陷，万历三年(1575年)正月，万历帝不得不委派工部左侍郎陈一松等提督再修昭陵。七月，陵工告竣。

由于昭陵多次兴工，耗费了大量的人力和物力。第一次兴工(指地面建筑)，万历元年十月工部盘查营建所用钱粮数，计用库银390932两，还不包括其中神木等三厂的木植用银、大通桥厂的白城砖用银、大石窝等厂旧石料的折银及户、兵二部雇抵班军工食行粮等用银。

万历元年十二月，巡视厂库工科给事中梁式等查盘营建昭陵所用钱粮数，除工部上述实用银外，又有户、兵二部银110119两，总计用银501050两有奇。其中;营缮司用银204422两，虞衡司13145两，都水司118854两，屯田司164628两。

第二次接修用银数，文献中没有明确记载。但据《明熹宗实录》记载，前后两次修建共用银150余万两。这还不算嘉靖时营建玄宫的费用。如算上嘉靖年间营陵的费用，其总用度至少在200万两以上，几乎相当于隆庆时一年的财政总收入(隆庆年间岁入约230余万两)。

由于营建昭陵需要庞大的钱粮开支，工部库银匮乏到了极点。万历二年八月修缮涿州桥，工部拿不出银两，兵部派不出军匠，不得不由辅臣张居正请求万历皇帝恳请母亲解囊捐银，雇工修建。

明亡之后

明朝灭亡后，昭陵先后遭到两次破坏。公元1644年，战乱中明楼遭火焚;清康熙三十四年(1695年)三月五日，大雨滂沱，列颠交加，陵恩殿和两庑配殿又遭雷击起火，陵卒拼命扑救，只救下了两庑配殿，陵恩殿被彻底烧毁。随着岁月的推移，到了乾隆年间，两庑配殿和陵恩门又相继残坏。

乾隆五十至五十二年(1785-1787年)，清政府为缓和民族矛盾，重新修葺明十三陵。昭陵也在修葺之中。从遗址分析，当时修葺的项目只有明楼、裬恩门、裬恩殿三项工程。这次重修，虽然使陵园制度稍趋完备，但却改变了原有建筑的规制。

明穆宗陵墓建筑规模

昭陵的陵寝制度在十三陵中属中等规模。其神道的设置，从长陵神道七空桥北向西分出，长约2公里。途中建有五空、单空石桥各一座。近陵处建碑亭一座，亭后建并列单空石桥三座。

陵宫建筑，朝向为南偏东38°，占地约3.46万平方米。其总体布局亦呈前方后圆之形，宝城前设两进院落，方城下甬道作直通前后的方式，以及裬恩殿、配殿为五间，裬恩门为三间的规制均如泰、康诸陵制度。