陈南康内史吕忠肃死守歧亭(今湖北宜昌西北西陵峡口)，以三条铁锁横江阻断隋军东出三峡。杨素、刘仁恩率水陆联军强攻，直到公元589年(开皇九年)正月击破陈军，占领西陵峡口。

陈荆州刺史陈慧纪屯公安(今湖北公安西北)，见大势已去，便率军三万、楼船千余艘，顺江东走，企图入援建康，却与周罗睺被杨俊军阻于汉口以西，陈军最后无法救援建康。

杨素继以主力沿江东下，与杨俊军会师汉口，另派一部南下湘州(治今湖南长沙)，击擒陈岳阳王陈叔慎，至此长江中游已非陈国所有。

飞渡长江

当隋军陆续占领长江上游的消息传到建康时，均被朝廷掌管机密的施文庆、沈客卿扣压，使得建康城毫无防备[13] 。隋军进至长江北岸时，施文庆又以元会(春节)将至，拒绝出兵加强京口(今江苏镇江)、采石(今安徽马鞍山市西南)，等地军备。

公元589年(开皇九年)正月初一，长江下游隋军乘陈欢度元会之际，分路渡江。贺若弼军出广陵南渡，韩擒虎军出庐江由横江口(今安徽和县东南)夜渡，袭占采石(今安徽马鞍山市西南)，晋王杨广军出六合(今属江苏)进屯桃叶山(今六合东南)。

初四，陈叔宝察觉事态不利，下诏亲帅陈军拒敌。命骠骑将军萧摩诃、护军将军樊毅、中领军鲁广达并为都督;又派南豫州刺史樊猛率水军坚守白下(今南京城北金川门外)，抵御六合方面隋军;以散骑常侍皋文奏率部镇守南豫州(治姑熟，今安徽当涂)。隋军突破长江防线后积极推进。

初六，贺若弼军攻占京口(今江苏镇江)，俘南徐州刺史黄恪。所俘六千余人，均优待释放。随后贺若弼以一部进屯曲阿(今江苏丹阳)，以防三吴(今江苏太湖以东、以南和浙江绍兴等)陈军增援，自率主力西进;韩擒虎军于初七攻占姑熟，沿江东进，皋文奏军败退建康。

隋军渡长江后积极推进，贺若弼於京口派一部隋军於曲阿 (今江苏丹阳)阻挡三吴地区(今江苏太湖以东、以南和浙江绍兴等)的陈军北援，主力持续向建康前进;韩擒虎击败陈军，占领姑孰(今安徽当涂)后，沿江直下，皋文奏败退建康。

正月初七日，贺若弼进屯钟山(今南京紫金山)以南的白土岗;韩擒虎和由南陵(今安徽铜陵附近)渡江的杜彦军在新林(今南京西南)会合;

宇文述军於白下击败陈军后，进占石头城(在今南京城西清凉山)。

隋军占领建康外围城市，完整包围南朝陈的首都。为配合隋军主力进攻，王世积军也成功由蕲春攻占蕲口(今蕲春西南)，大败陈将纪填，逼近江西鄱阳湖。

燕荣水师也由山东沿海南下，占领三吴地区。

攻破建康

建康地势虎踞龙盤，向称险要，在建康附近的陈军仍然有十万。然而陈后主不采纳部将建议，乘隋军包围之际切割敌军。

他放弃钟山、石头等险地，将主力固守建康城内外，白白的让隋军包围建康城。

贺若弼至京口时，萧摩诃请求出战，陈后主不准。而后萧摩诃得知陈后主竟和他的妻子私通，就也拥兵不前，唯独让鲁广达、田瑞奋勇作战。

15日，陈镇东大将军任忠率军自吴兴(今浙江湖州南)入援建康，陈后主也只让他驻守朱雀门(建康城南门宣阳门南2.5里)。

589年1月20日，陈后主在「兵久不决，令人腹烦」的情况下，对贺若弼军发动白土冈之战。他仓促的派鲁广达、任忠、樊毅、孔范与萧摩诃率军出战，於白土冈南北列长蛇阵20里，首尾进退互不相知。贺若弼军初战不利，然后集中攻破薄弱的孔范军。

陈军全线溃退，贺若弼从北掖门攻入台城(建康宫城)。韩擒虎军占领秦淮河南岸石子冈(今江苏南京雨花台)后，陈将任忠请降，开北岸朱雀门迎韩擒虎入城。当时陈后主身边大臣只有尚书左仆射袁宪一人。

袁宪建议如同梁武帝见侯景故事，庄严的向隋军投降。但是陈后主畏惧而不从，与爱妃张丽华、孔贵人躲到井里面。最后被韩擒虎俘虏，陈灭亡。

当夜，贺若弼军也从北掖门入城。

降伏岭南

建康被隋军攻下后，南朝陈尚领有长江中游、三吴与岭南地区。

589年1月22日，杨广进入建康，命令陈后主发令招降各地陈军投降。

坚守江夏的周罗睺、陈慧纪与守备长江中游诸城的守将陆续投降，三吴地区的吴州(今江苏吴县)、会稽(今浙江绍兴市)二城坚守拒降，岭南守将徐璒阻挡隋使韦洸於南康前，不愿意归附隋朝。

于是杨广率军南下三吴、岭南等地，各地陈军或受陈后主号令投降、或抵抗隋军而被消灭。

岭南地区早在南朝梁侯景之乱时，就受冼夫人控制。冼夫人率兵击破梁高州刺史李迁仕后掌控岭南，并与都督陈霸先合作。

陈霸先后来创建陈朝，即南朝陈。冼夫人平定多次叛乱，保境安民，被当地俚汉人尊为“圣母”。

杨广得知此事后，命令陈后主致书冼夫人，使其归隋。为了证明是真的，还将冼夫人曾经献给陈帝的扶南犀杖及陈后主的兵符给她确认。

冼夫人见到信及物件后，确定陈朝已亡，便派孙子冯魂迎隋使韦洸到岭南。各地至此才闻风归附，从此全部归隋朝管辖。

至此，隋文帝完成了大一统，成功结束纷乱近400年的魏晋南北朝时期。