高肇因此多次说元勰的坏话。这次因为潘僧固参与了京兆王元愉叛逆，高肇便诬告元勰跟元愉相互勾结，招引南方的蛮贼。

元勰封国的郎中令魏偃、前防..高祖珍都想让高肇提拔，便串通诬陷元勰。高肇起先让侍中元晖出面向朝廷上奏，元晖不肯。

他又让左卫元珍进言。皇帝先问过元晖，知道元勰并未参与。皇帝又问高肇，高肇就让魏偃、高祖珍作证，皇帝这才相信了。

永平元年(508)九月，皇帝召见元勰和高阳王元雍、广阳王元嘉、清河王元怿、广平王元怀以及高肇等入宫。当时元勰的妻子刚生产，他多次推辞不去，不得已而去，心里感到很忧虑和恐惧，便和王妃诀别，然后上车。

进了东边门，过了一座小桥，牛受了伤，由人拉着进去。宴会在宫中举行，当夜都喝醉了，各自到别的屋里休息。一会儿元珍和武士们带来毒酒。元勰说：“让我见一下皇上，死而无恨。”元珍说“：皇上哪里还能见到！”

武士们便用刀背敲了元勰两下，元勰大声喊冤。武士又用刀背打元勰，于是饮了毒酒，武士们就杀害了他。早晨，用褥子裹了尸体，车子从旁门而出，载着尸体送回元勰家，说是因为喝酒而死的。

元勰的王妃李氏，是司空李冲的女儿，她大声哭喊着说“：高肇无理杀人，天道若有灵，你也当恶报而死。”当高肇因罪被杀时，也是死在这间屋里，议论的人都说是报应。

皇帝在东堂给元勰举行丧礼。元勰对国家立下大功，无罪被杀，连路上的男女都流着泪说：“高肇小人，枉杀了这样的贤王！”

在朝的皇亲国戚们无不垂头丧气。景明、报德寺的僧人刚敲钟准备吃饭，忽然听说元勰去世，两座寺庙的僧人都感叹痛惜不已，因此停食，只喝点水而已。

朝廷追赠元勰假黄钺、使持节、都督中外诸军事、司徒公、太师，赠给皇帝使用的銮车，九旒旗，虎贲武士班剑百人，前后部的羽葆鼓吹，鍂车京车。有关方面奏上太常卿刘芳所议定的给元勰的谥号说，保大定功为武，善问周达为宣，应谥为武宣王。

皇帝下诏同意。当庄帝即位后，追赠封号为文穆皇帝，他的妻子李氏为文穆皇后，把神主牌移入太庙，称为肃祖。节闵帝时，去掉了元勰的神主牌位。元勰的嫡子元劭，字子讷，承袭了封爵。

元劭精通武艺，从小就有气节。明帝初年，梁将入侵边境，元劭上表说要献出粟九千斛，捐助绢六百匹，国人二百人以充实军队使用。

灵太后嘉奖他的心意，不同意接受。屡迁任青州刺史。孝昌末年，灵太后失去民心，四方混乱，元劭便有异心。被安丰王元延明所弹奏，召入朝中担任御史中尉。

庄帝即位，尊称为无上王。不久在河阴遇害。追谥为孝宣皇帝，他的妻子李氏为文恭皇后。