从公元696年(通天元年)(出自《景龙文馆记》，《旧唐书》为圣历年)开始，又让其处理百司奏表，参决政务，权势日盛。公元705年(神龙元年)，张柬之等拥护李唐宗室的大臣发动神龙政变，武则天被迫退位。神龙政变后，唐中宗复辟，又令上官婉儿专掌起草诏令，深被信任，又拜为昭容，封其母郑氏为沛国夫人。

上官婉儿与韦皇后、安乐公主亦多往来，屡次劝说韦皇后行武则天的故事，于是韦皇后上表请求规定全国士民百姓一律为被父亲休弃的母亲服丧三年。又请求规定天下百姓二十三岁时才算成丁，到五十九年就免除劳役，改易制度，用来收取人心民望，李显都准许了。

上官婉儿又向韦皇后推荐武三思，将武三思领进宫中，李显于是开始与武三思商议政事，张柬之等人从此都受到了武三思的遏制。不久，武三思依靠韦皇后和安乐公主等人的支持，相继设计贬杀了张柬之、桓彦范、敬晖、袁恕己和崔玄暐等五王，权倾人主，不可一世。上官婉儿又与其私通，并在所草诏令中，经常推崇武氏而排抑皇家，致使太子李重俊气愤不已。

公元707年(景龙元年)七月，李重俊与左羽林大将军李多祚等，矫诏发羽林军三百余人，杀武三思、武崇训于其府第，并诛其亲党十余人，又引兵从肃章门斩关而入，叩击阁门而搜捕上官婉儿。上官婉儿急忙逃至李显和韦皇后处，并扬言说:"观太子之意，是先杀上官婉儿，然后再依次捕弑皇后和陛下。"李显和韦皇后一时大怒，遂带着上官婉儿和安乐公主登上玄武门躲避兵锋，令右羽林大将军刘景仁率飞骑二千余人，屯太极殿前，闭门自守。李重俊兵败被杀。

但据墓志记载，上官婉儿曾四次向中宗进谏，反对立安乐公主为皇太女，从检举揭发，到辞官不做，再到削发为尼，都没有得到唐中宗准许，最终以死相谏。喝毒药后，太医紧急救治，才得以保命。