武则天并不满足于当昭仪，她的目标是争夺皇后的位子。在李勣、许敬宗、李义府、崔义玄、王德俭、袁公瑜等庶族官僚的支持下，高宗开始谋划皇后废立之事。以国舅长孙无忌为首的褚遂良、于志宁、韩瑗、柳爽等极力反对。

袁公瑜知道此事非同小可，立马将此事告诉武则天的母亲杨牡丹。杨牡丹立即将此事告诉许敬宗。许敬宗又转告武则天和高宗，在武则天的暗示和授意下，杨牡丹和许敬宗亲自找长孙无忌说情送金银珠宝，可是都遭到了拒绝。

龙舟感孕的传说，为的就是废立之事的明争暗斗而出笼的。六年(655)十月十三日，高宗下诏：王皇后、萧淑妃谋行鸩毒，废为庶人，母及兄弟，一并除名，流岭南。文武百官见废立大局已定，都倒向李勣、许敬宗一边，纷纷上表，请立昭仪为皇后。

十月十九日，高宗正式颁布《立武昭仪为皇后诏》。诏书颁布之后，按贞观之礼，举行了隆重的“纳后”仪式，太极宫和常御殿张灯结彩，宴庆气氛异常热烈。武昭仪披霞戴冠，拜受册命后乘辂车，随鼓吹仪仗队，入宫，登上了皇后的宝座。

高宗得病，“风眩头重，目不能视”，便将朝廷政务交给武后代行，实质上算是掌握了朝廷中的一切权力，由她一人决策，独断独行。自此之后武则天展露了她的政治才能，由于武则天生性霸道，每当有大事抉择，高宗都受制于武则天，高宗非常不满，于是在麟德元年(664年)与宰相上官仪商议，打算废掉武则天皇后之位。

但上官仪的废后诏书还未草拟好，武则天即已接到消息。她直接来到高宗面前，追问此事，唐高宗不得已，便把责任推到上官仪身上。十二月，上官仪被逮捕入狱，不久，即被满门抄斩。从此以后，唐高宗每次上朝，武则天必在帘后操纵，天下大权完全归武后掌握，甚至连生杀大事都由武后决定了，高宗只能唯唯从命，所以，朝廷内外都称为“二圣”。