孝宗登基，定年号隆兴，立志光复中原，收复河山，遂恢复名将岳飞諡号武穆，追封岳飞为鄂国公，肃清秦桧馀党，并且命令老将张浚北伐中原，但在符离遭遇金军突袭大败。接着金军趁胜追击，南宋军队损失惨重，此後双方互有胜负，但金无法越过长江，宋亦未能渡黄河。宋孝宗被迫於隆兴二年(1164年)和金国金世宗签订「隆兴和议」，次年改元「乾道」。

乾道年间，由於没有战事的干扰，加上高宗较少干政，孝宗专心理政，百姓富裕，五谷丰登，太平安乐，一改高宗朝时贪污腐朽的局面。由於宋孝宗治国有方，所以使南宋出现乾淳之治(乾:乾道，淳:淳熙)的小康局面。宋孝宗时有一批宠臣，如曾觌、龙大渊、张说等人，与宦官梁珂等「相与盤结」，「士大夫无耻者争附之」，被列入《佞幸传》。

熙十四年(1187年)十月，高宗死於德寿宫中，孝宗听闻後失声痛哭，两天不能进食，又表示要服丧三年。孝宗为了服丧，让太子赵惇参预政事。淳熙十六年二月初二(1189年2月18日)又禅让於太子，太子即位後，是为宋光宗。

孝宗自称太上皇，闲居慈福宫，後改名重华殿，继续为宋高宗服丧。光宗与孝宗不和，长期不去探望孝宗。为此，孝宗闷闷不乐而起病。最终在宋光宗绍熙五年六月初九(1194年6月28日)，孝宗逝於临安重华殿。