武宗崇儒只是虚尊而已，他真正崇尚的是藏传佛教，他不仅在修佛寺、做佛事，还出台优待喇嘛的政策，规定老百姓殴打喇嘛的砍手，辱骂喇嘛的断舌，皇太子爱育黎拔力八达及时劝止。武宗至大元年(1308年)，上都开元寺喇嘛强买柴薪，卖家诉诸上都留守李璧。

李璧正询问原因的时候，喇嘛们已手持棍棒冲入衙门，隔着桌案扯住李璧头发，拖到地上痛打一顿，又把他关在一个小黑屋里，很久以后才释放出来，李璧奔诉于朝堂，遇到大赦便不了了之。 翌年又有龚柯等十八名喇嘛与诸王合儿八剌之妃忽秃赤的斤抢道，竟把王妃拉下车殴打，甚至对武宗也有不敬之语，事情报上后，武宗也下诏不加过问。

从这些事可以看出武宗朝对藏传佛教的纵容及其势力的强大。此外，武宗对道教也加以优待，正一道教主、龙虎山天师张与材在武宗即位后来京觐见，武宗特授金紫光禄大夫，封留国公，锡金印。 对于曾给他取名的张留孙，武宗更是亲自召见赐座，升其为大真人，知集贤院，位大学士上，不久又加特进，为武宗进讲老子推明谦让之道。

 武宗还于至大元年(1308年)禁止了白莲教的前身——白莲宗，起因是朝廷发现福建地区的白莲宗信徒在夜里秘密聚会，还娶妻生子，害怕成为社会不稳定因素，遂由武宗下旨禁断，这也是历史上对该教派的首次禁令。白莲宗领袖普度作《上白莲宗书》给武宗，请求解禁，武宗虽下旨抚慰，但并未收回成命。此禁令到仁宗继位后才解除。

外交

元武宗时，困扰元朝几十年的西北边疆问题得到最终解决，蒙古世界的几个汗国之间恢复和平。武宗即位前，就在漠北沉重打击了海都叛军，海都之子察八儿继承窝阔台汗国汗位，企图卷土重来，但他的重要盟友察合台后王笃哇决定向元朝投诚。

武宗即位前一年率兵越过金山，对察八儿等海都余部进行致命性的一击，其后笃哇彻底抛弃了察八儿，窝阔台汗国的领土大部分并入察合台汗国。察八儿遂成为一条丧家之犬，流窜于金山山麓，月赤察儿严阵以待，察八儿走投无路，便率众归降元廷，于至大三年(1310年)入朝。

察八儿入朝是武宗时的一大盛事，举朝欢庆，武宗将此事郑重地昭告太庙，并特设宴于大庭，还将元世祖以来所扣押的海都投下五户丝全部赐给察八儿，又为此给答己太后上尊号并赦天下。 察八儿归降后，元朝与各汗国和平往来，再未发生战争。其中武宗在至大元年(1308年)派月鲁等十二人出使钦察汗国，册封术赤后王脱脱为肃宁王。

武宗时，元朝与高丽的关系得到进一步发展。高丽前王王璋(忠宣王)曾在大都参与扳倒卜鲁罕、阿难答及拥立武宗的定策中，武宗继位后封他为沈阳王。至大元年(1308年)，元武宗还应高丽之请，将征东行省的数百名官僚尽数撤回元朝国内，仅保留高丽王为丞相，实际上相当于承认了高丽的自主权。

同年高丽忠烈王王昛去世，武宗册封王璋为高丽国王，但王璋滞留大都，没有返回高丽，这为后来元丽关系的波折埋下伏笔。

武宗时，元朝继续保持与安南的宗藩关系，派尚书安鲁威到安南告即位。安南世子(实为国王)陈日㷃派使者奉表朝贺。使臣中有一个叫莫挺之的，在元朝与武宗君臣发生许多趣事，传为中越关系史上的佳话。至大二年、四年，安南又分别遣使朝贡。