种种迹象已让孝宗感觉到光宗对自己的冷落和怠慢，而在立储问题上，父子二人意见严重分歧，进一步激化了原有的矛盾。光宗皇后李氏只生有嘉王赵扩一人，立为太子，本是顺理成章之事，但却受到孝宗的阻挠。可能是因为嘉王天性懦弱，孝宗认为其不适宜继承皇位，相比之下，魏王赵恺的儿子嘉国公赵抦生性聪慧，深得孝宗喜爱。

当初光宗取代了二哥赵恺，成为太子，如今孝宗却宠爱赵恺之子，不同意将嘉王立为储君，无形中加深了光宗心中对孝宗本就存在的猜忌，让光宗时时感到恐惧和不安。在他看来，父亲似乎不仅对嘉王的太子地位，甚至对自己的皇位，都是潜在的巨大威胁。

在别有用心的李后和宦官们不断离间挑拨下，这种恐惧感逐渐成为光宗挥之不去的阴影，其心理和精神压力越来越大，终于导致了无端猜疑和极度偏执的症状。他视重华宫为畏途，不再定期前去问安，尽可能躲避着孝宗。天子孝行有亏，臣子劝谏责无旁贷，而臣僚们的这些言行更激起光宗的固执与疑惧，终于引发历时数年的过宫风波。光宗病情不断加重，皇后李氏负有不可推卸的责任。

她生性妒悍，又有着强烈的权力欲。一方面，她独霸后宫，不允许任何女人与她争宠，光宗对此只有忍气吞声，抑郁不乐;另一方面，她视孝宗夫妇为她皇后地位的最大威胁，想方设法离间孝宗、光宗父子，从很大程度上加剧了光宗的病态心理。

庆元六年八月庚寅日(1200年9月16日)，光宗患病，八月辛卯日(9月17日)，光宗在寿康宫去世，享年五十四岁，后葬光宗于永崇陵。十一月丙寅日，上谥号宪仁圣哲慈孝皇帝，庙号光宗。嘉泰三年(1203年)十一月八日壬申日，加谥号为循道宪仁明功茂德温文顺武圣哲慈孝皇帝。