北伐主战场两淮统帅邓友龙等也因兵败而被撤职。 　不久，金军就在东、中、西三个战场上，对宋军发起了进攻，宋朝军队由进攻转为防守。在金军的大举进攻之下，真州(今江苏仪征)、扬州相继被金军占领，西路军事重镇和尚原与蜀川的门户大散关也被金军所占。韩侂胄想通过吴曦在四川战场挽回败局，但陕西河东招讨使吴曦却早已在四川暗通金兵，叛变称王。这场战争于第二年以宋朝战败而结束。

韩侂胄撤了两淮宣抚使张岩的职务，任命赵淳为两淮置制使，负责镇守江、淮。在这种形势下，朝廷中的主和派又形成了势力，礼部侍郎史弥远和杨皇后是主要的代表。杨皇后因当年韩侂胄在宋宁宗选皇后的问题上不倾向于她而怀恨在心，同时她也认为北伐过于轻率。他们通过皇子向宋宁宗进言：“韩侂胄再启兵端，将危社稷。”杨皇后也在旁边劝说宋宁宗，但宋宁宗很犹豫，一时难以定夺。

杨皇后担心如果宋宁宗走漏风声，让大权在握的韩侂胄知道，后果将十分严重，就与史弥远、参知政事钱象祖等人密谋，设法除掉韩侂胄。开禧三年(1207年)十一月，韩侂胄在上朝途中被殿帅夏震派出的将士挟持，杀死于玉津园中。韩侂胄被杀以后，史弥远立即派人把这一消息告诉了金朝，并以此作为向金朝求和的砝码。此后朝政被史弥远、钱象祖把持。

经过与金朝的谈判，按照金朝的要求，韩侂胄之首被送往金朝示众。韩侂胄死后，宋宁宗对大臣说：“恢复岂非美事，但不量力尔。”嘉定元年(1208年)，南宋王朝与金朝签订了“嘉定和议”，和议条款为：两国境界仍如前;嗣后宋以侄事伯父礼事金;增加岁币银帛各五万;宋纳犒师银三百万两与金，疆界依旧。宋朝皇帝与金朝皇帝的称谓由以前的侄叔改变为侄伯，比“隆兴和议”更能显示合约的屈辱性。