太后将玉玺授予了铁穆耳。而后铁穆耳即皇帝位，受诸王宗亲、文武百官朝于大安阁。 铁穆耳终得以继位为帝，由真金妃亲手授以新发现的传国玉玺，并于四月十六日正式登基，是为成宗。

追尊其父真金为皇帝，是为元裕宗，尊太母元妃为皇太后。 五月，上大行皇帝尊谥曰圣德神功文武皇帝，庙号世祖。改皇太后居住的以前的太子府为隆福宫，詹事院为徽政院，司议为中议，府正为宫正，家令为内宰，典医署为掌医，典宝为掌谒，典设为掌仪，典膳为掌膳。并且封皇姑高丽王王昛妃忽都鲁揭里迷失为安平公主。至元三十一年(1294年)六月，成宗下诏减速免所在本年包银、俸钞，以及内郡地税和江淮以南州县当年的一半夏税。

守成之局

元贞元年(1295年)正月，下诏道家复行《金箓》、《科范》。以云南行省左丞杨炎龙为中书左丞。封皇姑囊家真公主为鲁国大长公主，驸马蛮子台为济宁王。二月，安西王相铁赤等人请求再次设立王相府，元成宗不许。

下令陕西省臣给其所需，仍然把廉访司没收的赃钞给他。闰四月，元成宗在山西五台山为皇太后建佛寺。五月，翰林承旨董文用等人进《世祖实录》。驸马济宁王蛮子台私杀罪人，御史台大臣弹劾他擅自处理，元成宗下旨让蛮子台知晓。下诏停止一切非急需的工程营建，免除五月以前积欠的钱粮。

元贞二年(1296年)正月，铁穆耳下诏因为忽剌出千户所部屯夫非常贫乏，所以免除其输租。上思的叛贼黄胜许攻打剽水口思光寨，湖广行省调兵击败了他，抓获其党羽黄法安等人，叛贼逃入上牙六罗。命西平王奥鲁赤夏天去上都。

安西王傅铁赤、脱铁木等人再次请求修筑王府，皇上说：“去年阿难答已经面奏过一次了，朕以世祖定的规矩回复了他，如今再次奏请，难道想让四川、京兆全成为你们的吗?赋税、军站都是归朝廷所管，如今姑且同意你们的请求，置王相府。” 御史台的大臣说：“汉人的大臣，曾经被别人搜罗罪状打击，所以不敢直接对皇上进言。

请皇上在近侍昔宝赤、速古而赤这两个人里，选择一个任用。”皇上说：“怎么能任用他们?在汉人中选择有见识能办大事的人吧。”最终以御史中丞秃赤为御史大夫。[16] 二月，自六盘山至黄河的地区立屯田，置军万人。以大都留守司达鲁花赤段贞为中书平章政事。三月，以中书平章政事不忽木为昭文馆大学士，平章军国事。

大德元年(1297年)三月，以陕西行省平章也先铁木儿为中书平章政事，中书省左丞梁暗都剌为中书省右丞。西蕃的贼寇攻打阶州，陕西行省平章脱列伯派兵进讨，其党羽全部平定，留军五百人戍守那里。八月，八百媳妇爆发叛乱，攻打彻里地区，元成宗派遣也先不花率领军队征讨他们。

 大德二年(1298年)二月，下诏枢密院合并贫难军户。以中书右丞、徽政院副使张九思为平章政事，让他处理中书省的事。 五月，元成宗以中书右丞何荣祖为平章政事，处理中书省的事，以湖广左丞八都马辛为中书右丞。命中书省派遣官员监察云南、四川、海北海南、广西两江、广东、福建等处六品以下的官员的遴选。

六月，御史台大臣上书：“江南地区在宋朝的时候实行两税法，自从阿里海牙改为门摊，增加的课税钱到了五万锭。如今宣慰张国纪请求恢复科夏税，与门摊一起征收，湖、湘地区受害很深啊。”元成宗立即下令中书省免去这个方法。

元成宗禁止诸王擅自行事，其中有越例亵渎的人，遣使将其拘拿。七月，河南汴梁等地下大雨，黄河决堤，淹没了归德数县的禾稼、庐舍，元成宗免其田租一年。并且派遣尚书那怀、御史刘赓等去堵住决堤的大河，自蒲口开始修筑，一共修筑了九十六处。

 大德三年(1299年)二月，皇太后崩，祔葬先陵。四月，以中书省断事官不兰奚为平章政事。赐皇侄海山(元武宗)所统诸王戍军马二万二千九百余匹。派江浙释教总统僧人宁一山出使日本，恢复了两国间的正常贸易和文化往来。但是，成宗后期曾一度用兵西南。

大德四年(1300年)底，身在云南的行省左丞刘深好利生事，上奏道：“世祖以神武混壹海内，功盖万世。皇帝继位以来，未有武功以彰显神武天资，西南夷有八百媳妇国未奉大元正朔，请允许为臣我为陛下征之。”成宗发兵两万出征八百媳妇国(今泰国北部、缅甸东北部，治京泰国清迈)。元成宗本也想“开边”弄出件大功青史留名，因而“用兵意甚坚”。