大德五年(1301年)正月，元廷发钞近十万锭，作为军费支持用兵。又因金齿(今中国云南西部和缅甸腊戍一带)诸国阻击元朝的征缅归师，下诏计伐金齿诸国。后因出征八百媳妇国之元军损失惨重，成宗才决心不再对西南用兵。也就在这时，成宗达成了与笃哇、察八儿等西北诸王的和解，延续几十年的西北战乱得以平息。

五月，云南土官宋隆济举兵叛乱，云南行省自愿征八百媳妇的有二千人。七月，元成宗命云南行省的蒙古士兵征讨八百媳妇。八月，元成宗派遣薛超兀而等人率兵征讨金齿诸国，当时征缅的大军还师，被金齿所阻挡，并且战死了很多士兵。并且金齿又接连八百媳妇诸个蛮邦，他们相互效法不向元朝缴纳税赋，并且杀戮元朝的官吏，所以发兵征讨。十一月，元成宗派遣刘国杰及也先忽都鲁率兵万人，八剌及阿塔赤将兵五千人，征讨宋隆济。

后期弊政

大德六年(1302年)正月，晋王甘麻剌薨，元成宗下令封其王印以及内史府印。 元成宗下令探马赤军与江南水手相互教习，以防备海寇侵扰我国东南沿海。

江南朱清等贪污贿赂案被揭发出来，牵连了一大批官员，促使成宗再一次下决心查处贪污官员。当年仅七道奉使宣抚官查处罢免的贪官污吏就有18473人之多，查出赃款15865锭，审理冤案5176件。在大都建孔庙(即今北京国子监孔庙)，后加封孔子为“大成至圣文宣王”(1307年)。

 大德七年(1303年)三月，因为征讨八百媳妇损兵折将，诛杀刘深，鞭打合剌带、郑祐等人，于是引发出成宗对中书省进行大清洗的事件。它被看成是成宗后期“朝廷更政”的一个标志。主持“更政”的首相，则是曾以中书左丞相职位辅助过完泽的哈剌哈孙。

哈剌哈孙晋位右丞相以后，精选州郡守令，定官吏赃罪十二章及丁忧、婚聘、盗贼等制，禁献户及山泽之利。不过“更政”的实际成效并不很大。 同时罢云南征缅分省。小兰禧、岳铉等进《大一统志》。六月，罢除四川宣慰司，设立四川等处行中书省，以云南行省平章脱脱、湖广行省议事平章程鹏飞一起做为平章政事。

大德八年(1304年)，成宗下令天下官员体恤民情，减省刑罚，免除灾民差税一至三年不等。鉴于江南佃户田租过重，在过去减过十分之三的基础上再减十分之二，且永为定例。同时开放山场、河泊、任民采捕。二月，翰林学士承旨撒里蛮进金书《世祖实录节文》一册、汉字《实录》八十册。四月，元成宗设置千户所戍守定海一带，以防备倭寇的侵扰。命僧道为商人缴纳租税。

大德九年(1305年)四月，云南行省请求增加当地的卫兵，元成宗不许。六月，成宗立子德寿为皇太子。七月，以大司徒段贞、中书右丞八都马辛并为中书平章政事，参知政事合剌蛮子为右丞，参知政事迷而火者为左丞，参议中书省事也先伯为参知政事。十月，成宗患病，不能视朝，由皇后伯要真氏执政。朝中大事委于右丞相哈剌答孙。十二月，皇太子病逝。

无嗣而终

成宗后卜鲁罕在大德后期干政多年，与中书省、枢密院里的许多回回大臣深相结纳。因此卜鲁罕打算内而操纵朝议，外而倚重阿难答手中的兵权，临朝称制。而阿难答本人也因手握重兵，欲以世祖嫡孙的身份争夺皇位。双方为了共同对付出镇漠北的海山和他弟弟爱育黎拔力八达而结为联盟，被当时的汉人儒巨称为“回邪诪张，势挟中闱”。

为了试探舆情，卜鲁罕等人几次召集馆阁会议。争夺皇位的另一方，是海山兄弟。海山长年总兵北边，在大德年间与西北藩王的几次硬仗中战功卓著，又是真金嫡孙，颇得在漠北作战过的诸王将领的拥护;海山弟爱育黎拔力八达则雅重儒术，从成宗朝起就在身边聚集起一批汉人士大夫或倾心汉文化的蒙古、色目侍臣，被中原和南方汉族士人看成振兴文运的希望所在。

卜鲁罕显然早就对海山母子染指皇位存有戒备。大德九年(1305年)十月，她以中宫秉政，出爱育黎拔力八达母子于怀州，企图通过割断他们与朝廷中枢的联系来限制其行动 。大德十年(1306年)正月，元成宗下诏询问庄圣皇后、昭睿顺圣皇后、徽仁裕圣皇后处理朝政的情况，以备纪录。

 大德十一年(1307年)农历正月初八，成宗去世，享年四十二岁。庙号成宗，谥号为钦明广孝皇帝。[39-40] 蒙古语称号完泽笃皇帝。《成宗皇帝谥册文》内容如下：“嗣皇帝臣某谨再拜稽首言曰：臣闻称天以诔，表名实之至公;法日而名，庶形容之可拟。维帝王之有谥，盖今古之彝章。钦惟大行皇帝禀上圣之资，抚重熙之运。

当裕考龙升之后，承世皇燕翼之谋。武威肃镇于遐荒，文德诞敷于华夏。业业谨盈成之戒，愉愉尽孝敬之诚。罢勤远之兵，边衅弭而苗顽格;遣直指之使，皇泽宣而民瘼除。九族形敦睦之风，万国洽隆平之治。爰酌奉常之仪，用昭告祔之文。谨遣摄太尉某官某奉册宝，上尊谥曰钦明广孝皇帝，庙号成宗。伏惟睿灵在天，孚鉴逮下，茂膺典册，锡羡邦家。

“按照蒙古旧俗，大汗死后，例应由皇后摄政，主持召开选立新汗的忽里台大会。但卜鲁罕企图控制朝议以遂其私。成宗死后，哈剌哈孙立即秘密地遣人通知在漠北的海山和在怀州的答己及爱育黎拔力八达。这时卜鲁罕已下密制切断通往漠北的驿路。

戍守和林的海山接到成宗去世的消息后，曾准备立即离开大军回朝。大德十一年(1307年)，率军自金山前线东返的海山抵达和林，召集岭北诸王勋戚大会，诛杀与阿难答通谋的合赤温后王也只里，与会宗亲大臣合辞劝进。海山这时已获悉答己与爱育黎拔力八达先至大都。大德十一年(1307年)五月，海山会答己、爱育黎拔力八达于上都，在忽里台大会上就任新汗，是为武宗。