地方上甚至还没收汉人铁制农具及禁止汉人文化活动。至元元年(1335年)十一月，伯颜取消了科举考试，也是一大倒退。在面临汉人反抗时，伯颜甚至提出了杀绝张、王、刘、李、赵五姓汉人的主张，所幸顺帝没有听从。

伯颜的倒行逆施使社会矛盾原本就十分尖锐的元朝更加动荡不安，广西、山东、四川、江西、福建、河北、河南等地爆发了农民起义或少数民族起义，元末农民起义的著名领袖彭莹玉就是在至元四年(1338年)发动袁州起义，失败后广泛传播白莲教，埋下了十多年后全国性动乱的火种。而至元五年(1339年)在河南更发生一起“假传圣旨”的闹剧，河南吏员范孟自称有圣旨，杀了河南行省平章政事月鲁帖木儿以下一干官僚，不久后范孟被杀。

此事可以看出当时元朝纲纪松弛到了何等程度。伯颜专权所导致的乱象都被元顺帝看在眼里，他与伯颜的侄儿脱脱早已图谋除掉伯颜。而伯颜也蠢蠢欲动，与卜答失里合谋以燕帖古思取代顺帝。至元六年(1340年)二月，顺帝与脱脱利用伯颜出猎之机，发动政变，罢黜伯颜，先贬为河南行省左丞相，再流放南恩州阳春县(今属广东)，至此伯颜时代落下帷幕，顺帝得以亲政。

在政变中，顺帝坐镇玉德殿，主符檄，发号令，其间杨瑀等文臣在御榻前起草贬斥伯颜的诏书时，有“以其各领所部，诏书到日，悉还本卫”的语句，顺帝指示说：“自早至暮，皆一日也，可改作时。”充分显示出他的果断与精明。[15] 同年六月，顺帝为报杀父之仇，下诏毁太庙文宗室，废太皇太后卜答失里并将她赐死，流放燕帖古思，还缴销了当年元文宗宣称他不是元明宗儿子的诏敕。元顺帝完成复仇之举后，“被服衮冕，祼于太室”，祭告父亲元明宗，并追上谥号。次年正月，顺帝改元“至正”，任命脱脱为右丞相，宣布将“与天下更始”，准备大展宏图、中兴元朝。

锐意图治

进入至正时代，元顺帝“图治之意甚切” ，脱脱为挽回元朝统治危机，亦实施了一系列改革，史称“脱脱更化”。脱脱恢复了科举制度，颁行《农桑辑要》，整饬吏治，征召隐逸，蠲免赋税，开放马禁，削减盐额，编修辽、宋、金三史，实行儒治，包括开经筵与太庙四时祭、亲郊祭天、行亲耕礼等活动。

在顺帝的励精图治与脱脱的勤勉能干之下，至正初年的元朝一度呈现回光返照的局面，在伯颜时代受压抑的汉族儒生也为之振奋，当时的欧阳玄写道：“至正宾兴郡国贤，威仪重见甲寅前。杏园花发当三月，桂苑香销又七年。豹隐山中文泽雾，鹏搏海上翼垂天。明时礼乐须奇俊，莫道儒生自圣颠。”

 就在“更化”如火如荼的至正四年(1344年)，脱脱以多病而欲隐退，再加上萨满说流年不利，所以连续十七次上表请辞，顺帝终于同意。 此后5年间，顺帝又任用阿鲁图、别儿怯不花、朵儿只、贺惟一(太平)等人为相，他们虽然不是奸臣，但能力都不如脱脱。在此期间，顺帝继续推行了以廉政建设为中心的一些改革措施，如颁行《至正条格》、定荐举守令法、派遣24名官员巡视宣抚全国各地等。

顺帝亦未丧失图治之心，他十分重视地方守令的任用，必须亲自过目，考察其贤愚，并谆谆告诫那些陛辞的地方官说：“汝守令之职，如牧羊然。饥也，与之草;渴也，与之水。饥渴劳逸，无失其时，则羊蕃息矣。汝为我牧此民，无使之失所，而有饥渴之患，则为良牧守矣。”

在至正五年(1345年)十月遣官奉使宣抚时，又命其“布朕德意，询民疾苦，疏涤冤滞，蠲除烦苛。体察官吏贤否，明加黜陟，有罪者，四品以上停职申请，五品以下就便处决。民间一切兴利除害之事，悉听举行。”

可是当时奉使宣抚的官员除了苏天爵、王守诚等少数人较有政绩以外，其余反而加剧了官场的腐败与民间的疾苦，特别是江西、福建一带，更流传着“九重丹语颁恩至，万两黄金奉使回”、“奉使来时，惊天动地;奉使去时，乌天黑地。官吏都欢天喜地，百姓却啼天哭天”、“官吏黑漆皮灯笼，奉使来时添一重”等民谣。可见元朝的腐败已是无可救药了。

对元顺帝打击最大的要数当时罕见的天灾。自至正四年(1344年)以后，中国进入了灾害多发期，尤以腹里和河南行省最为严重。那时候，黄河决口、饥荒频仍、瘟疫爆发，人民流离失所，大量死亡，就连大都也受到影响，当时客居大都的高丽人李谷写道：“饥民云集京师，都城内外，呼号丐乞，僵仆不起者相枕藉”。顺帝命官府加以赈济，并颁诏罪己，至正九年(1349年)又重新起用脱脱为中书右丞相，希冀挽回元朝的颓势。

天下大乱

此时由天灾引发的后遗症正困扰着元廷，首先是由河患引发的严重的财政危机，漕运、盐税锐减，中央政府财政收入下跌，国库渐虚;其次是河患导致社会动荡不安，小规模农民起义频繁发生，特别是至正八年(1348年)方国珍兄弟啸聚海上，对元廷赖以生存的海道漕运构成威胁，元廷无法镇压，只得加以招抚;同时，吏治不仅没有根本性的扭转，反而在灾荒时期变本加厉，史载“及元之将乱，上下诸司，其滥愈甚”。

总之，元朝老百姓生活在水深火热之中，大乱一触即发。脱脱第二次拜相后，试图力挽狂澜，但他采取变钞和起用贾鲁治河两大政策，却为元朝掘好了坟墓。时人讥讽说：“丞相造假钞，舍人做强盗。贾鲁要开河，搅得天下闹”。