失国亡身

而后，顺帝又封扩廓帖木儿为河南王，南下肃清江淮，不料却引发了扩廓帖木儿与李思齐、张良弼等诸多军阀在河南、山西、陕西等地混战的局面。顺帝怀疑扩廓帖木儿有异志，命皇太子爱猷识理达腊总领天下兵马，开大抚军院，讨伐扩廓帖木儿。

这场军阀混战一直持续到大都失守前夕，极大损耗了元朝的有生力量。顺帝虽昏庸，亦知国难当头，至正二十七年(1367年)秘密在高丽济州岛建造宫殿，以备将来逃难之用。

在元朝内乱的期间内，朱元璋坐大于南方，将陈友谅、张士诚、方国珍等群雄次第削平，并在至正二十七年(1367年)十月发动“驱逐胡虏、恢复中华”的北伐战争。至正二十八年(1368年)正月，朱元璋自称皇帝，国号大明，建元洪武。明军高歌猛进，势不可挡，到至正二十八年(1368年)闰七月时，元顺帝才与扩廓帖木儿和解，但为时已晚。

至正二十八年(1368年)闰七月二十三日，明军抵达直沽，二十六日，知枢密院事卜颜帖木儿出大都迎战明军，被擒杀，太庙牌位也被收集好，在逃难时一起带走。二十七日，顺帝命淮王帖木儿不花监国，庆童为中书左丞相，自己则做好逃难的准备。二十八日，顺帝驾临大都清宁殿，召见众臣及三宫后妃与皇太子，正式宣布将逃往上都。

知枢密院事哈剌章(脱脱之子)力谏不可，顺帝说：“也速已败，扩廓帖木儿远在太原，何援兵之可待也?”宦官赵伯颜不花跪地痛哭进谏说：“天下者，世祖之天下，陛下当以死守，奈何弃之!臣等愿率军民及诸怯薛歹出城拒战，愿陛下固守京城!”顺帝叹息说：“今日岂可复作徽、钦!” 到了这天夜里，大都健德门开，顺帝与皇太子、后妃及一百多名大臣出奔上都。

顺帝一路上如惊弓之鸟，连山峰塌方都以为是明军到来。八月十五日，顺帝一行终于抵达上都，此前大都已经在八月二日被明军攻占，监国淮王帖木儿不花等殉国。元朝在中原统治结束，北元开始。

顺帝在北逃时感慨道：“朕不出京师，安知外事如此!”到上都后又“昼夜焦劳，召见省臣或至夜分”“召见群臣，询恢复之计”，颇有重新振作的姿态。当时，哈剌章请求顺帝命扩廓帖木儿入援，得到顺帝同意。扩廓帖木儿不负顺帝希望，于至正二十八年(1368年)十月初，在韩店与明军打了一个漂亮的胜仗。

顺帝被这一胜利冲昏头脑，封扩廓帖木儿为齐王，并命令他挥师收复大都，明军趁机偷袭，扩廓帖木儿大败，仅以十八骑逃走。此后顺帝再度消沉，身体每况愈下，至正二十九年(1369年)元旦朝贺时，他就托病不出，此后经常因病缀朝。当时元军连战连败，至正二十九年(1369年)六月十三日，顺帝又弃上都奔应昌，其间许多大臣进谏速奔和林，但由于阿鲁辉帖木儿事件的阴影，顺帝都没采纳。

至正三十年(1370年)，顺帝病重，由皇太子爱猷识理达腊总军国诸事。同年四月二十八日，顺帝因痢疾驾崩于应昌，享年五十一岁，太尉完者、院使观音奴奉梓宫北葬。 死后庙号惠宗，明太祖朱元璋以其“知顺天命，退避而去”，给予了“顺帝”的谥号。蒙古汗号“乌哈笃汗”(Uqahatu，一作乌哈噶图汗，意为明智的)。