19日元军兵船驶进博多湾，翌日登陆。守护少贰经资指挥英勇战斗，但在元军步兵集闭战法和火药武器震天雷的威力下， 日军处于不利地位。由元世祖授命组成的征日元军，是由蒙、汉、高丽三族军队组成的联军。蒙军不但在战斗力，还有战术方面都远远高于日本。

据日蒙古型皮铠本史书记载：击鼓鸣锣，杀声震天。日军战马惊恐不安，跳跃打转，当武士拨转马头冲向敌人的时候，已经被敌人射中。蒙古矢短，但矢根涂有毒液，射上既中毒。敌数百人箭射如雨，长柄矛可刺进铠甲缝隙。

元军排列成队，有逼近者，中间分开，两端合围，予以消灭。元军甲轻、善骑马，力大，不惜命，豪勇自如，善于进退。大将据高处指挥，进退击鼓，按鼓声行动。在后退时，铁炮中装铁弹，随着火焰喷出，四面烈火，烟气弥漫;其声凄厉，心碎肝裂，目眩耳聋，不辩东西，被击毙者极多。激战至暮，日军撤至大宰府水城。刘复亨受箭伤，元军撤至船上。当夜意外台风刮翻元军200多艘兵船，忻都连夜乘剩余船只撤退回国。

在文永之役后，金方庆伏虏了两百名日本人，献给高丽王作为奴隶。自1275年起， 幕府就开始为他们认为不久将进行的第二次入侵做了准备。

除了更好地组织起九州的武士外，他们还在很多可能登陆点修建堡垒和其它防御设施，这些登陆点中包括博多港。与此同时，高丽国王多次与元朝谈判，反对进一步的入侵日本计划。而元朝也派遣使者至日本，但日本两次下令将元朝派来的使者斩首。忽必烈非常恼火， 开始积极筹划第二次入侵。

1279年元军征服南宋之后，于1281年春发动了对日本的第二次入侵。元军的这次入侵规模大于第一次，其中由范文虎、李庭等人率领的江南军就有十余万人。元军舰队因供应和人员登载问题而推迟了起航。他们的高丽盟军先行进发，在对马岛惨遭失败而返。

同年夏，元军联合高丽人夺取了壹岐岛，向九州进发，并在不同地点登陆。在经历一些独立的小战斗，也就是所谓的弘安之战或“第二次博多港之战”后，元军被赶回了船上。此时一场持续两天的台风，也就是现在非常有名的“神风”，袭击了元军舰队并摧毁了大部分的船只。

关于元军舰队被台风摧毁的原因，有说法认为是因为元军使用的是在内河航行的平底船，采用了当时较为流行的水密隔舱设置，而不是在海洋上航行的海船。

而之所以如此，是因为由于元朝蒙古统治者在中国及高丽的残酷压迫，导致两地(高丽与中国南方沿海)对于造军船很反感，造船的汉人和高丽人故意使用错误的船型，而蒙古人对航海又一无所知;又或者忽必烈攻日太过仓促，未有充分准备海船，造船人只得在匆忙间敷衍了事。不过具体原因尚无定论。

战争结果

抵御元军入侵的防御工事的遗址，位于今天日本九州福冈县福冈市博多区筥松。这个遗址本来在海岸边，但今日已离开海岸很远。

忽必烈于1286年试图再次入侵日本，但因同时在南方发动的对越南陈朝的进攻受挫造成国力匮乏而作罢。日本方面，为了对付元军入侵而进行的全国范围的改编使得其经济和军事都处于重压之下，并且整个国家的资源使用已经到了极限。

元军入侵也使得日本幕府找到了继续统治国家的借口而不是将权力交给天皇。他们之后一段时间继续加强九州的防务，那里的许多军事设施很多年后还有效。由于战后受货币经济影响，幕府无法恩赏抗元官兵，加剧了国内矛盾。1333年，镰仓幕府灭亡。

尽管不是得到普遍承认，但许多学者仍认为侵略事件双方的兵力比传统观点认为的要少得多。还认为日本方面能够在没有“神风”的帮助下有效地击退入侵者。