朱元璋首先拿丞相胡惟庸是问，并于洪武十二年开刀问斩，胡惟庸一案株连多达万人，最后连太师李善长也受牵连，77岁时李善长全家被杀。接着十三年后朱元璋又以莫须有的罪名杀掉了功臣蓝玉。蓝玉对于朱元璋那是够赤胆忠心的，蓝玉被诛天下喊冤，但蓝玉案还是又株连一万多人，蓝玉案后明朝功臣凋零。

这样的诛杀大臣连太子朱标都看不下去，曾进谏说：“陛下诛戮过滥，恐伤和气。”当时朱元璋没有说话。第二天，他故意把长满刺的荆棘放在地上，命太子拣起。朱标怕刺手，没有立刻去拣，于是朱元璋说：“你怕刺不敢拣，我把这些刺去掉，再交给你，难道不好吗?现在我杀的都是对国家有危险的人，除去他们，你才能坐稳江山。

朱元璋将锦衣卫派到各地，事无巨细，他都要听，包括大臣家晚上请的什么客，作的什么诗，第二天上朝有时朱元璋还装出无意的样子当面提醒酒宴中的细事，群臣无不惊骇，在朝廷上战战兢兢，而朱元璋恰恰要的就是这种效果。

朱元璋是以布衣起家，他对民间的活动了如指掌，知道民间力量的强大，并且朱元璋就是以此兴业的，所以投鼠忌器，很害怕在他执政时期也由于民间的反抗而翻船。在朱元璋自身的经历中，在郭子兴军中由于多次险遭暗害，使朱元璋的警惕性和疑心，随着权力成正比增加。

而他的布衣出身，证实了古来“将相宁有种乎?”的正确性。自己是从平民爬到皇位，那别人在理论上也有机遇爬到自己的位子，出身的自卑、担心朝臣的出卖、危险的无处不在以及皇权的巨大诱惑，这一切使朱元璋从消极的一面接受了元朝的教训，不择手段的残酷镇压可能的任何反叛力量。治天下者，行大道，视天下者如父母，天下者必为其树碑立传。治天下者，行苟且之事，视天下者如草芥，必为天下者所唾弃，明朝虽建有苏三监狱之类的用具，终不免灰飞烟灭，遗臭万年!”