朱元璋还建立了较为完善的医疗体系。从为皇家服务的太医院，到为各地诸侯和权贵服务的良医所，以及在洪武三年(1370年)建立的惠民药局，形成了一套完善的医疗体系。并规定“各布政使司，各府，首领官，医学正科各一员;各州，医学典科各一员。

各县，医学训科各一员”。平时，他们的职责就是救治“贫病”的社会弱势群体。朱元璋特别下令，不得因无钱而拒绝治疗病人，惠民药局甚至经常免费赠药。遇到灾祸时，惠民药局则负责救治灾民、施药送药以及掩埋尸体等。

惠民药局自洪武年间开始，直到万历年间仍然运行正常。万历十五年(1587年)，惠民药局在处理北京地区发生的瘟疫中，发挥出了极大的作用。万历皇帝命太医院派人联合惠民药局共医治病人109590人，舍药折银14618.5斤。

正是因为两大灾难救治体系的建立，才使得明朝虽然多灾多难但仍屹立了277年。明朝建立的“洪武体制”面临着崩塌体系。在某些历史学家眼中，“洪武体制”相对于南宋的灭亡来说则是一种倒退，因为，自南宋灭亡后，包括王夫之、黄宗羲在内的许多学者都认为“亡天下”了。