他长得坚强有力，同时也精通武艺，而且据说在学习儒家经典和文学方面也是出色当行的。他的文学功底在正史中有所表述，因为这种成就符合一个儒家君主的公开的形象。1370年5月，洪武帝把他封为燕王，定他的封地在北平(今北京)，让他坐镇北方边境，以保证国内的安全和抵御蒙古人的入侵。

为了给他的叛乱设词辩解，燕王在后来几个月内精心策划了几篇文告：它们包括在1399年8月和12月致朝廷的两封信，以及后来给官民一体知照的宣言。这位藩王坚持说，他正在进行的是终止内乱的正义行动，而且无论衡之以儒家的孝道，还是衡之以规定诸藩王义务的《祖训录》中的条款，他的行为都是对的。他指责皇帝，特别是指责他没有把他父皇的病情告知他，没有让他奔临丧葬。

另外，还指责他毁坏先皇所居之宫室，从而背弃了洪武帝的祖训。1399年8月，燕王朱棣誓师抗命，下谕将士，打着“清君侧”旗号起兵“靖难”。史称“靖难之役”。朝廷和燕王之间开始了一场血腥的、持续三年的军事对峙。在叛乱开始的时期，燕王尚不占兵力上的优势。他的军队只有十万人;除了他的封地北京之外他也没有能够控制任何其他领土。

南京的建文朝廷有一支三倍于燕王军队的常备军，拥有全国的经济，并且已经废除了几个藩国。但燕王的领导能力、高素质的军队却非朱允炆可比。随着战争时间的延长，朝廷指挥不当、兵力孱弱、内部松懈的缺点严重影响了战局。直至节节败退，许多将领投降了燕王。

建文四年六月，燕军渡江直逼南京城下，谷王朱橞(huì)与曹国公李景隆开金川门迎降，京师遂破。燕兵进京，在燕王军队抵达后的一场混战中，南京城内的皇宫大院起了火。当火势扑灭后在灰烬中发现了几具烧焦了的残骸，已经不能辨认，据太监说它们是皇帝、皇后和他的长子朱文奎的尸体。

朱棣登位后，将忠于建文的诸臣剥皮的剥皮，下油锅的下油锅，把他们的女眷罚到教坊司当官妓，实行残酷的“转营”，即轮流送到军营中去，一个女子每一日一夜要受二十余男子的凌辱，情况还要经常报告朱棣，有被摧残至死的，朱棣就下圣谕将尸体喂狗吃了。

但朱允炆的下落终成为一件悬案。谁也不能肯定他是否真的被烧死了;后来对他的帝业抱同情心的历史学家们都说他乔装成和尚逃离南京。当时官方的记载当然只能说皇帝及其长子已死于难中;否则，燕王就不可能名正言顺地称帝了。朱允炆最后的真正命运仍然是一个谜。