次子朱高煦并没有这样屈服，他迟迟不肯就藩，留在京城伺机行动，他先是进谗言使得立储的第一功臣解缙遭到贬黜，几年之后惨遭杀害，然后私养了许多武士图谋不轨，好在杨士奇、徐皇后说服了朱棣削夺了朱高煦的部分护卫，强令他就藩乐安。

高煦与高炽之争才算暂时告一段落。谁知半路又杀出个程咬金，皇三子朱高燧在成祖得病期间曾密谋杀死成祖，然后矫诏即位，幸得有人告密，一场灾难才没有降临。事后，由于朱高炽为朱高燧求情，成祖总算没有再追究。

永乐二十二年(1424年)七月十八日，65岁的永乐皇帝在北征返京的途中病逝，英国公张辅、阁臣杨荣为了避免朱高煦、朱高燧趁机作乱，因此秘不发丧，将军中的漆器融成一口大棺材，将成祖的遗体装入棺材中，每日还是照例进餐、请安，只是皇帝的车帘再也没有掀开、皇帝也再没有说话，军中一切如常。

同时，派杨荣与太监海寿进京密报，朱高炽得知后立即派儿子朱瞻基出京迎丧，由于大臣们的精心安排，总算没有爆发什么叛乱，政权得以平稳过渡。洪熙元年(1425年)四月十六日，他定北京所有政府部门为行在。半个月后，他派皇太子朱瞻基到南京去拜谒洪武帝的皇陵，并留在那里负责。尽管南京地区有地震的报告，但皇帝的返回和他朝廷的南迁势在必行。

然而皇帝在实施这一行动前死去。此外，他的继承者宣德帝并未参与这一计划，宣德帝与永乐帝更亲近，对偏向北方的政策不那么讨厌。北京依然是京师，南京又成了辅助性的都城。洪熙元年(1425年)五月二十九日。朱高炽猝死于宫内钦安殿(此钦安殿非御花园中钦安殿)，终年47岁。死后被谥为孝昭皇帝，庙号仁宗。

对朱高炽突然死亡的原因有种种猜测：雷击、中毒，甚至过度纵欲。后一种猜测的根据可能是，在他死前几天，皇帝严惩翰林李时勉，因为他上奏提出批评，其中一条是他在服永乐帝之丧时与其妃子有性关系。但是一名大太监报告说他死于心脏病发作。考虑到皇帝的肥胖和足疾，这种说法更为可信。