道光四年(1824年)十月，回部匪酋张格尔率兵进入乌鲁克卡伦，清军围剿失利，侍卫花山布等阵亡。巴彦巴图等率兵剿张格尔，大败张格尔，张格尔奔喀拉提锦。

道光六年(1826年)七月，张格尔纠结安集延、布鲁特的回部部众进入清军哨卡。喀什噶尔的回部部众也为之响应。旻宁命杨遇春为钦差大臣率兵进剿张格尔。

不久，张格尔攻陷和阗城。旻宁命长龄为扬威将军，命武隆阿作为钦差大臣，与杨遇春一起协助管理军务。八月，回部匪酋巴布顶等人攻陷英吉沙尔。张格尔攻陷喀什噶尔城，然后接着攻陷叶尔羌。

道光七年(1827年)正月，和阗地区的回部部众投降，但是不久又被张格尔攻陷。旻宁任命惠显为驻藏大臣。四月，长龄等人攻克喀什噶尔，张格尔逃走未能将其捉拿。

道光八年(1828年)五月，抓获匪首张格尔，并且行献俘礼。旻宁亲临午门受俘。旻宁亲自宣布张格尔的罪恶，将其处以极刑。

道光十年(1830年)九月，回匪安集延等人再次攻陷喀什噶尔，围喀什噶尔城。旻宁命玉麟前往新疆围剿。十二月，喀什噶尔、英吉沙尔的回匪被清军平定。