同治帝安慰她说：“卿暂忍耐，终有出头日也。”小夫妻的这些话被尾随而来、在外偷听的慈禧听到了，勃然大怒，立刻闯进宫来，抓住阿鲁特氏的头发，一边打，一边往外拽，并扬言要备大杖伺候。病床上的同治帝欲救不能，眼睁睁看着皇后惨遭凌辱，又急又气又害怕，竟昏了过去。慈禧这才饶了阿鲁特氏。

崇彝写的《道咸以来朝野杂记》载：一次，慈禧萌发了要废掉阿鲁特氏皇后位的想法。于是将担任宗人府宗令的咸丰帝的七弟醇亲王奕譞召来，商议此事。醇亲王说：“欲废后，非由大清门入者不能废大清门入之人，奴才不敢奉命。”慈禧欲废阿鲁特氏之心才作罢，但却由此深恨醇亲王奕譞。

阿鲁特氏性格耿直，不善逢迎。她认为自己是堂堂正正从大清门迎娶的皇后，只要自己行得端，做得正，没必要阿谀奉承，溜须拍马。而且，她有意无意地几次刺激、激怒慈禧，致使矛盾更加尖锐。一次，阿鲁特氏陪慈禧看戏，“演淫秽戏剧，则回首面壁不欲观，慈禧累谕之，不从，已恨之”。

一来阿鲁特氏表现得不听话，不顺从，二来反衬出慈禧好淫乐，格调低俗，从而加深了对阿鲁特氏的怨恨。阿鲁特氏身边的人劝她要处处讨慈禧欢心，要善逢迎，只有和皇太后搞好关系才能保住自己的位子，否则于己不利。阿鲁特氏则表示：“敬则可，则不可。

我乃奉天地祖宗之命，由大清门迎入者，非轻易能动摇也。”慈禧是通过选秀女进入皇宫的，最忌讳别人提从大清门而入，大清门是她心头永远的痛。有人将阿鲁特氏的话偷偷地告诉了慈禧，慈禧勃然大怒，认为是故意蔑视自己，因而对阿鲁特氏“更切齿痛恨，由是有死之之心矣”。

关于慈禧为什么不喜欢阿鲁特氏，最后将她逼上绝路，还有其他一些说法。

有人说因为阿鲁特氏是郑亲王端华的外孙女。端华是咸丰帝临死时任命的赞襄政务八大臣中的主要成员之一，是慈禧的死对头，后被朝廷赐死。慈禧因而迁恨阿鲁特氏。

还有人说，慈禧闻知阿鲁特氏怀了孕，怕生了皇子，立为嗣，阿鲁特氏就成了皇太后，自己就不能垂帘听政了。(待考)

还有的说，慈禧怕阿鲁特氏把自己违背同治帝遗诏立皇子的秘密揭发出来，故将她置于死地。

阿鲁特氏年仅22岁，平时也没有什么病，怎么会突然死去呢?很显然不是正常死亡。关于她是怎么死的，在当时就众说纷纭，莫衷一是。概括起来，有四种说法：

吞金而死

这种说法比较广泛，影响较大。

绝食而死

《李鸿藻先生年谱》载：“其后之崩，盖绝食也。”《清代纪事年表》、《庸盦笔记》等也持这种说法。

吞鸦片而死

《清室外纪》持这种说法。

服毒药而死

《德宗承统私纪》如此记载。无论哪种死法，均属于自杀。据说在阿鲁特氏自杀之前，她的父亲崇绮进宫去看望她。见女儿整日以泪洗面，痛不欲生，眼睛都哭肿了，于是上奏慈禧，请示应该如何办。慈禧说：“皇后如此悲痛，即可随大行皇帝去罢。”意思就是皇后可以殉夫。这时正巧女儿写来了一张字条，征询她应该怎么办，崇绮便在字条上批了一个“死”字。未几，阿鲁特氏便死了。

在海外未删减版的电影《一代妖后》中，就有这样的场景：皇后阿鲁特氏因不堪恶毒刻薄、心狠手辣的婆婆慈禧的一次次迫害，本想上吊自尽，却未想被慈禧眼线逮到，抓到戏楼，慈禧听到后，虽大惊，但还是狠心的惩治皇后，最后皇后被恶婆婆慈禧吊在戏台上从几十米以上的地方摔下来活活摔死。

后来李翰祥导演觉得这一幕太过血腥，在国内版中将它换为：嘉顺皇后，崩于储秀宫，死因不明，历史载：遂而崩逝。虽然这是捏造，也看得出慈禧这人心狠手辣到极点。