迫于国际压力和制裁，利比亚同意交出两人，但坚称必须在第三国进行审判。最后关于空难的审理在荷兰设立的苏格兰法庭上进行。2001年，苏格兰法庭认定迈格拉希为空难制造者，判处他终生监禁，至少服刑27年，而费希迈则无罪释放。2009年，考虑到迈格拉希身患晚期前列腺癌，苏格兰当局提前释放了迈格拉希。

回国时，迈格拉希在利比亚获得了英雄式般的欢迎。2012年，迈格拉希在国内去世。期间，迈格拉希进行了多次上诉，在去世前都一直否认策划空难，坚称自己无辜。但是，2003年，利比亚同意为洛克比空难承担民事责任，赔偿每位遇难者1000万美元。作为交换，联合国和美国停止对利比亚的制裁，包括石油武器禁运和空中封锁等。在缴纳最后一笔赔款之后，美国还需将利比亚从其支持恐怖主义国家的黑名单中剔除。

虽然利比亚同意为空难承担民事责任，但有怀疑论者认为利比亚此举只是为了用钱来换取解除制裁。而对于真凶到底是不是迈格拉希则有各种质疑，甚至有人专门写书来研究洛克比空难的真相。迈格拉希在2009年被提前释放时引起了民众的强烈不满。英国有媒体称，提前释放其实不是考虑到迈格拉希的健康，而是因为英国和利比亚达成了协议。

释放迈格拉希之后，英国石油公司就可以在利比亚海岸进行石油开采。洛克比空难的审判不是由陪审团做出裁决的，而是直接由三名法官裁决。在审判书中，三名法官对三个关键证人的可靠性提出了质疑，其中包括：一名在马耳他为美国人做间谍的利比亚人、一名商人，此人声称是自己的公司制作了爆炸使用的计时器、以及声称把衣服卖给迈格拉希的售货员，而这件衣服就是用来包裹有炸弹的录音机。

迈格拉希此后的上诉材料是由苏格兰刑事案件审理委员会处理的。而委员会则认为，没有充足的理由证明迈格拉希在马耳他买了用来包炸弹的那件衣服。而售货员在指认迈格拉希之前，曾经在杂志里看到过关于迈格拉希和爆炸案的报道。