内城为“土筑砖包”，夯土筑成的城墙外由城砖或条石包砌。内城因地形而建，呈不规则状，突破了以往都城为方形的城制。内城原本开有13座城门，与外郭城门合称“里十三，外十八”。内城在20世纪50年代时仍大体完好，但是在其后20年间遭受严重破坏，现存长度仅为原来的三分之二。

内城原有的13座城门，历经战火、破坏以及改建之后，现存的明代城门还有聚宝门(中华门)、石城门(汉西门)、神策门(和平门)和清凉门，其中除神策门还保留有清朝时修建的城楼之外，其他城门的城楼都已无存。

南京明城墙的建造被形容为“人穷其谋、地尽其险、天造地设”，体现了“天人合一”、“皇权天授”等思想。由代表朝廷的紫微垣、太微垣以及天市垣规划内城部局，内外城墙又与天体赤道、黄道二十八宿作对应，有朝有廷有市，并非较简单的前朝后市布局。

民间传说南京城墙是“宝葫芦”形，有专家研究认为是“非方、非圆的不规则的多角不等边的粽子形”、“呈宫扇形”。最新认为：南京城墙是依照天上南斗星与北斗星的星宿聚合而建。