中华门城门主楼和辅助城门楼以及两边连接的瓮城城墙共同构造了中华门内瓮城的主体建筑，中华门内瓮城的主体建筑东西宽118.5米，南北长128米，占地面积约1.5万平方米。主体建筑东西两侧马道直通主楼顶部，因为明清两代将军可以骑马直登城头，所以称为“马道”。

中华门的兴建前后历时21年，采用巨型条石作为城门基础，大块的城墙砖砌筑，粘合剂采用糯米汁、石灰、桐油拌合后砌成，非常坚固。砌城墙所用的大块城墙砖，每块长约40-50厘米，宽20厘米左右，厚10厘米上下，每块重量15-20公斤不等。

掌控是相当大的，城砖的制作由京师工部、京师驻军及长江中下游的湖南、湖北、江西、京师四地共125个县承担，京师应天府以外制作的城墙砖烧成后由长江水路运送到京师，用来保证京师城墙建筑材料的供给。

中华门内瓮城这种藏军设施，在古代冷兵器战争中具有十分重要的作用。遇有敌人强攻时，可将敌兵放进城门欲擒故纵，然后关起各道城门，把敌军截为三段，分别歼灭，好像传说中典故描写的“瓮中捉鳖”，又因为中华门的瓮城在城墙内侧，所以这座宏伟的城门楼被称为“中华门内瓮城”。

民国时期，为了适应南京市的道路现代化建设和改造的需要，国民政府在原聚宝门的东西两侧开辟中华门东门和中华门西门，可以同时满足向南向北汽车的通行。中华门城门主楼牌匾上题刻有“中华门”三个字，是由原国民党领导人蒋介石题写。

1995年，结合中华路、雨花路改造，南京市人民政府在中华门主体建筑附近，建成了中华门广场，新增绿化面积近万平方米，架设一批高杆照明宫灯和草坪灯，建造了镇淮东桥和镇淮西桥。中华门广场和镇淮东、西桥的建设，改善了交通状况、美化了中华门古迹的周边环境。