经过一番紧锣密鼓的审讯，结果却是案犯张文祥供词闪烁，主审大员奏案含糊，最后只能为张文祥定了一个“漏网发逆”和“复通海盗”的罪名。次年十月，张文祥被剜去心脏，用来祭奠马新贻。后来，朝廷又给予马新贻家人很优厚的抚恤。

马新贻被刺死，正死在密查太平天国藏宝之谜及湘军在南京的其他劣迹这个关节上，曾国藩也许不是主谋，但主谋必然是湘军的重要人物，而案发后，曾国藩也可能知道谁是主使，但形势迫使他不得不为亲者隐。这不仅关系到湘军利益，也可能牵涉更多祸端。

太平天国在南京经营10年，各种粮饷自不必说，天王府金银财宝堆积如山，其他王府、将军府也有不少收藏。曾国荃攻陷天京后，纵湘军抢掠数天。为了灭迹，又放了一把火，使南京城一片火海，足足烧了8天8夜，湘军子弟均中饱私囊，各种大小车辆向家乡湖南源源不断运送财物。几年中，湘军子弟抢购土地遍及湘鄂，朝野议论纷纷，恭亲王亦颇有微辞，慈禧太后心中不快。

十几年来湘军实力迅速膨胀。太平天国起义败后，人们传言曾国藩有野心。与太平军作战时，清廷不得不倚重湘军。但是，太平军被“荡平”了，朝廷能允许曾国藩在江南坐大吗?东南卧着一只虎，朝廷睡觉也不安心，于是，把曾国藩调离江宁，派马新贻任两江总督，迅速裁撤湘军。

而南京本是湘军攻下的，一直被湘军视为私地，他们在那里经营了数年，岂能轻易让给马新贻，马新贻从到总督府一直没有自己的军队，可以说，他死的两年前，是窘然一身来到南京的。这位天真的总督，可能永远不会知道，自己已是踏进了虎狼窝，以至于他在最后的喘息与不解中说：“为什么一个我不认识的人要杀我?”

马新贻被刺的真相，朝廷不可能不明白，但为什么要虚张声势地下令严查呢?是做戏给曾国藩看，还是真想彻底打击一下湘军?但不容置疑的是，自马新贻被刺后，两江总督的宝座就一直掌握在湘系的手中，其他人不敢问津。