干流全长3481公里，以大叶尼塞为源，河长4086公里;若以小叶尼塞河为源，则河长4044公里;若以安加拉河为源流，上溯至注入贝加尔湖的色楞格源河伊德尔(11A：~p)河为源.则全长5227公里。小叶尼塞河发源于唐努乌拉山脉，大叶尼塞河发源于东萨彦岭的喀拉·布鲁克湖。

在中国境内的柯尔克孜人(吉尔吉斯)1500年前大量居住在叶尼塞(enesay柯尔克孜语为母亲河的意思)河周围后来收到沙俄的攻击，大部分人不得不搬迁到塔拉斯(现在吉尔吉斯斯坦的一个州)周围。现在黑龙江富裕柯尔克孜人18世纪从叶尼塞搬迁到现在的黑龙江。还有一部分柯尔克孜族的后代仍然生活在叶尼塞河流域，他们自称是哈卡斯人。

叶尼塞河干流自东向西在宽阔的草原盆地中流动，自克姆契克河口急转而北，切穿西萨彦岭，在奥兹纳琴诺耶村附近又流入草原。在草原地段左岸接纳阿巴坎河，右岸接纳图巴河。自耶札加什村叶尼塞河穿经东萨彦岭支脉再次变为山地河流。