在克拉斯诺雅尔斯克的上游接纳了水量丰富的马纳河。从克拉斯诺雅尔斯克到河口，有安加拉河、中通古斯卡河、下通古斯卡河、库列依卡河和汉泰卡河等大支流汇入。从大叶尼塞河和小叶尼塞河的汇合处(在图瓦盆地中心的克孜尔城附近)算起，长3487公里;从色楞格河的源头(源自蒙古北部)起算，长5540公里。

它流域面积为270.7万平方公里，共有大小支流约2万条，总长8.8万公里，主要支流分布在右岸。流域内主要为山地和高原，北部平原(西西伯利亚平原)和低地(北西伯利亚低地)仅占流域面积的6～7%，中部是中西伯利亚高原(海拔700～2200米)，南部有萨彦岭等山地(海拔达3491米)。

叶尼塞河水力资源丰富，在干流上建有大型克拉斯诺亚尔斯克水电站和萨彦-舒申斯克水电站，河流还是附近地区重要的水运干线，海轮可上溯至伊加尔卡，萨彦诺戈尔斯克以下定期通航。叶尼塞河流域内富森林、煤炭、铁、铜、有色金属以及水产资源。下游渔业发达。两岸景色秀丽，雄伟壮观，夏季旅游航线可达迪克森。主要河港有阿巴坎、叶尼塞斯克、伊加尔卡、杜金卡等。