同时，何白二人密令汤恩伯、李品仙以及顾祝同准备向新四军进攻——这是对之前新四军在黄桥的军事打击进行报复。11月9日，朱德发出电令，只同意将长江以南的新四军移到江北。国民党军令部迅速反应，在何应钦、白崇禧的示意下拟呈《剿灭黄河以南匪军作战计划》，于11月14日上报蒋介石，要求批准执行。客观来看，此前国共双方军事上虽有许多摩擦，但都仅限于局部，影响有限。

而《剿灭黄河以南匪军作战计划》要用武力解决遍及黄河以南的河南、山东、安徽、江苏和浙江几省交界地区的八路军和新四军，等于发动大规模的“剿共”战争，这不仅有碍抗战，也很难实现。因此，军令部的呈文到后，蒋介石一直拖着不签。蒋介石的目标很明确，把八路军和新四军驱赶到黄河以北的冀察(河北和察哈尔)两省，限制共产党的军事扩张即可。采取军事手段从根本上解决问题，并非他此时想达到的目的。事变爆发后，国共两党互相指责。

3月17日，蒋介石发布命令，宣布新四军为“叛军”，取消新四军番号，将叶挺交军事法庭审判。中共毫不退让，进行回击。20日，中共中央军委发布重新建立新四军军部的命令，陈毅为代理军长，刘少奇为政委。虽然在各界的努力和斡旋下，两党暂时达成了和解，但由此引发的国共关系的重大改变，却不是这种妥协所能消弥的。皖南事变成了抗战期间国共关系逆转的一道分水岭。

事变前，中共军队虽然已经在独立指挥、自行发展，但它仍隶属于国民政府，至少名义上随时呈报并请领军费，形式上使用着统一的货币，遵守着统一的政令法令。国共军事上的磨擦也仍可通过正常途径反映协商。因此，蒋之命令或要求，一般还具有一定的约束力。事变之后，国民政府断绝对中共军队的一切供给，切断了与中共军队的一切联系。中共政权从此断绝与国民政府间的一切上下级关系，自设银行，自发货币，自定法规法令，自行其事，完全脱离国民政府而自行存在。从此调和两党关系之困难，也就可想而知了。