汉武帝巫蛊之祸发生在征和二年(公元前91年)。当时，在处理丞相公孙贺之子公孙敬声犯法一事时，有人揭发公孙敬声与武帝女阳石公主私通，并在武帝经过的驰道下埋偶人祝诅有恶意，结果公孙贺父子及其家族被处死。武帝晚年多病，此事过后更加疑神疑鬼，他甚至梦见数千木偶人持杖要打他，便认定自己的病是由于有人从事巫蛊、祝诅所造成的。

因此，武帝便将与此案有牵连的后宫及大臣全部处死，并下令以善迎人意的江充为使者进一步深察，巫蛊之祸的范围开始扩大。江充大肆株连搜捕，坐而死者前后数万人，他还诬陷与自己有隙的太子刘据也行巫蛊祝诅之事。太子刘据无法辩解，被迫矫诏发兵捕杀江充，并攻入丞相府。

武帝令丞相刘屈氂统兵镇压。双方在长安城内大战五日，死数万人，刘据败逃后自杀。太子死后不久，丞相刘屈氂亦被奏称有 巫蛊祝诅行为，追查之下发现其与武帝妃李夫人之弟李广利密谋立李夫人之子为太子一事。武帝盛怒之下，诛杀了刘屈氂全家，并收捕李广利妻子。此时，李广利正统兵攻打匈奴，得到这一消息后便投降了匈奴，其所率七万大军全军覆没。

武帝一生征战，多次大胜匈奴，最后却由于非军事原因而遭此惨败，加之太子之死，使晚年的武帝逐渐冷静下来，发现巫蛊之祸 中许多案件并无实证，多系江充等人屈打成招而制造的冤案，便下令诛灭了江充全家。

在汉武帝征和二年(公元前91年)，汉武帝宠信术士江充。当时的丞相公孙贺之子公孙敬声被人告发说借用巫蛊之术想要陷害武帝，汉武帝震怒之下命令江充彻查此案，后来公孙贺父子都因此事被杀，后来江充把巫蛊之乱扩大，他到处栽赃自己不喜欢的人，就连当时的太子皇后还有大将军卫青的长子都被连累致死。

江充用酷刑和栽赃迫使他人认罪，大臣百姓惊恐之下胡乱指认别人犯罪，数万人因此而死。在这场巫蛊之乱中被杀人的下至黎民百姓，上到皇后太子，其规模血腥是历史上其他任何时期发生的巫蛊事件难以比拟的。后来汉武帝醒悟过来，又把江充江充夷灭三族，修建“思子宫”纪念太子，至此声势浩大残酷无比的巫蛊之乱告一段落。

巫蛊之乱以后汉武帝失去爱子，看到数位臣子和数万民众因巫蛊之祸而亡的惨状后汉武帝彻底清醒过来，他开始彻底反思自己一生做过的事情，痛定思痛以后亲自撰写了罪己诏，向全国民众阐述自己的罪过。、不过可惜的是罪己诏发布没有几年，汉武帝本想继续发布休民养息的政策时，他却在(公元前87年)去世了。

巫蛊之乱以后汉朝臣民都不在相信这个害人的邪术，他们被巫蛊之祸害的家破人亡，这在某种程度了警示了后人的迷信之说。