当朱棣来到时，看到宫中火起，急忙命人前来抢救，可惜没有来得及。只能从灰烬中找到建文帝烧焦的尸体，根本就没有办法辨别是否是建文帝。但朱棣还是假意痛哭不已，说他只是前来帮助皇帝学善，又何必自寻死路呢?事后，朱棣礼葬建文帝，遣官致祭，辍朝三日。那么建文帝朱允炆是在皇宫自焚还是跑到南洋?下面一起去看看吧。

首先，《太宗实录》本身的可靠性有待于考究。朱棣为了美化自己的篡位行为，曾三次修改了《太宗实录》，所以对于其所记载的建文帝自焚一事，有待考证。其次，被烧焦的尸体面目全非，没人能回答是否是建文帝。如果建文帝活着，他去了哪里呢?明代中后期，就有人提出了建文帝“出逃为僧”说。

另外，万历二年(1574年)十月，12岁的神宗向张居正问及建文帝下落一事，张居正回答：“国史不载此事，但先朝故者相传，言建文皇帝当靖难师入城，即削发披缁，从间道走出，后云游四方，人无知者。”可见，张居正倾向“出逃为僧”的说法

明末南京礼部尚书钱谦益针对上述说法，说道：假如建文帝没死，离开南京后很可能重新组织军队来推翻朱棣的统治，但朱棣即位后，没有出现任何这类活动的迹象。但是，这些都只是一家之言，没有确切的记载和资料考证，不足为信。我们暂且先将这一问题放下。假设建文帝有可能逊国逃亡，那他去了哪里呢?

综合起来，有如下几种说法：有学者指出，建文帝出逃之后，削发为僧，云游四方，最后回到了江苏吴县穹隆山皇驾庵，并一直生活在这里，直到1423年病逝于此。最近，对中国古文字深有研究的学者林国恩指出，写于贵州山谷之间的“红崖天书”，实际上就是建文帝逃亡后所写的一份讨伐朱棣的檄文，目的是号召臣民支持他重登帝位。

(“红崖天书”写在贵州省安顺地区晒甲山的一面山崖上，字形似文似图，若篆若隶，因字条红色，又无人能破译，故称此名)以上是两个比较有影响的说法，除此之外，还有泛舟海外说、隐居四川说等。